Abstract :
[en] Livestock breeding is an important activity in agriculture in Niger. This sector is facing huge problems, such as the weak productivity of the animals, the weak investment, the feeding and watering difficulty and the recurrent sanitary problems. Niger is a landlocked country with an area of 1,267,000 km², whose southernmost border is more than 600 km from the sea (Gulf of Guinea) and according to National Institute of statistics (INS), Niger has a population of 19,124,884. In Niger, which is a predominantly agro-pastoral country, breeding is performed by nearly 87% of the active population either as a main activity or as a secondary activity after agriculture. Breeding is a determining factor in the context of food security and poverty reduction. On average, it contributes to household income at a level of 15% and to food security at a level of 25%.
In Niger, the animal species supplying milk are: cattle, goats, camelids and sheep. The main cattle breeds involved in milk production come from several local breeds from Bos taurus (Kouri) and Bos indicus (Azawak, Bororo, Djelli, Goudali). There are mainly three major national dairy sectors, namely peri-urban, rural and ranching..The average milk production is 2.4 l/ cow / day in the rainy season compared to 2 l in the dry and cold season and 1.4 l in the dry and hot season.
Analysis of the evolution of dietary pattern shows a tendency towards increased consumption of dairy products in West Africa, particularly in urban areas, where populations with no dairy consumption pattern have rapidly adopted them. The development of the dairy sector requires a real consideration of the control of health risks to ensure the health of the consumer, the quality and hygiene of the products. Poor hygiene control is the main source of contamination since several foodborne pathogens can be transmitted by raw milk. There are few data on the microbiological quality of raw milk in Niger. Therefore, the raw milk microbiota from three collection centres (Kollo, Hamdallaye and Say) and three farms (Toukounous, Kirkissoye and Niamey) in Niger have been evaluated using two methods, the classical microbiology and metagenetic. The objective of this study was to assess the microbiological quality of raw milk produced in Niger and compare it with similar production methods in other countries. To perform this, we enumerated microorganisms that indicates the hygiene quality and safety of raw milk (coliforms, Escherichia coli and Staphylococcus aureus) and then we performed metagenetics analyzes in order to obtain a global image of the microbiota. The use of metagenetic analysis aimed to get an insight of indigenous bacterial compositions and to enhance the safety and quality of raw milk with high-throughput sequencing technology through 16S rDNA metagenetics (also called metagenomics analysis targeting 16S ribosomal DNA). We wanted also to assess the presence of antibiotics residues, the levels of hygiene indicator bacteria and the occurrence of coagulase positive Staphylococcus. Data collected in this study may be useful for an exposure assessment of Niger inhabitants to foodborne pathogens present in raw milk. Samples were submitted to classical microbiology for Aerobic Total Microbiological Counts (ATMC) at 30°C, the enumeration of coagulase positive Staphylococcus and E. coli (ECC) and total coliforms counts (TCC), while metagenetic analysis was performed on the same samples. V1–V3 hypervariable 16S rDNA amplicon libraries were prepared for each sample and sequenced with MiSeq Illumina sequence (V3 kit). Taxonomical assignment and clustering were performed with Mothur using SILVA database.
Metagenetic analysis of sequencing data for the V1-V3 region of 16S rDNA resulted in the identification of dominant populations and in the evaluation of their relative abundance. In descending order of abundance, the following phyla were recovered: Proteobacteria, Firmicutes and Actinobacteria. The main species encountered were Acinetobacter, Staphylococcus, Klebsiella, Escherichia spp, Lactobacillus spp, Lactococcus spp and a part of the whole population was composed of isolates issued from environmental origin, as Enhydrobacter spp and Kocuria spp. Taxonomical assignment and clustering were performed with Mothur using SILVA database.
Screening of antibiotic residues was performed using a standardized biological test kit form, the Delvotest®. In total, of the 192 samples of raw milk, 19 (10.1%) were positive. s. A voluntary survey of raw milk consumers was performed to learn about foodborne disease. Following the answers of interviewed consumers, a rate of 25% foodborne illness among people who consume raw milk directly out of 194 survey respondents was detected.
The results show that hygiene rules are not respected in the production of raw milk and that raw milk is directly consumed without any heat treatment before consumption. This presents a serious public health risk. In conclusion, the quality of raw milk can be improved by using the good hygiene practice during milking, collection and transport of raw milk and only the heat treatment of the milk can help to limit health risks for consumers.
[fr] L'élevage est une activité importante dans l'agriculture au Niger. Ce secteur est confronté à d'énormes problèmes, tels que la faible productivité des animaux, la faiblesse des investissements, les difficultés d'alimentation et d'abreuvement et les problèmes sanitaires récurrents. Le Niger est un pays enclavé d'une superficie de 1 267 000 km², dont la frontière méridionale est à plus de 600 km de la mer (Golfe de Guinée) et, selon l'Institut National de la Statistique (INS), le pays compte 19 millions d’habitants. Au Niger, pays à dominante agro-pastorale, l'élevage est pratiqué par près de 87 % de la population active, soit comme activité principale, soit comme activité secondaire après la culture de céréales. L'élevage est un facteur déterminant dans le contexte de la sécurité alimentaire et de la réduction de la pauvreté. En moyenne, il contribue au revenu des ménages à un niveau de 15 % et à la sécurité alimentaire à un niveau de 25 %. Au Niger, les espèces animales qui fournissent le lait sont : les bovins, les chèvres, les camélidés et les moutons. Les principales races bovines impliquées dans la production laitière proviennent de plusieurs races locales issues de Bos taurus (Kouri) et de Bos indicus (Azawak, Bororo, Djelli, Goudali) et il existe principalement trois grands secteurs laitiers nationaux : périurbain, rural et le ranching. La production laitière moyenne est de 2,4 l / vache / jour en saison des pluies contre 2 litres en saison sèche et froide et 1,4 litres en saison sèche et chaude. L'analyse de l'évolution des habitudes alimentaires montre une tendance à l'augmentation de la consommation de produits laitiers en Afrique de l'Ouest, en particulier dans les zones urbaines, où les populations sans habitude de consommation laitière les ont rapidement adoptées. Le développement du secteur laitier nécessite une réelle prise en compte de la maîtrise des risques sanitaires pour assurer la santé du consommateur, la qualité et l'hygiène des produits. Un mauvais contrôle de l'hygiène est la principale source de contamination du lait puisque plusieurs agents pathogènes d'origine alimentaire peuvent être transmis par le lait cru dont il existe peu de données sur la qualité microbiologique au Niger. Ainsi, le microbiote du lait cru provenant de 3 centres de collecte (Kollo, Hamdallaye et Say) et de 3 fermes (Toukounous, Kirkissoye et Niamey) au Niger a été évalué selon deux méthodes, la microbiologie classique et la métagénétique. L'objectif de cette étude était de connaître la qualité microbiologique du lait cru produit au Niger et de la comparer avec des méthodes de production similaires dans d'autres pays. Pour ce faire, nous avons énuméré des indicateurs microbiologiques qui reflètent la qualité hygiénique et la sécurité du lait cru (coliformes, Escherichia coli et Staphylococcus aureus) et nous avons ensuite effectué des analyses métagénétiques afin d'avoir une image globale du microbiote.
L'utilisation de l'analyse métagénétique a permis d’obtenir un aperçu des compositions bactériennes indigènes dans le but d’améliorer la sécurité et l'innocuité de ces produits. La qualité du lait cru a été estimée grâce à une technologie de séquençage à haut débit dénommée métagénétique de l'ADNr 16S (aussi appelée analyse métagénomique ciblant l'ADN ribosomique 16S). Pour affiner les paramètres de qualité et de sécurité sanitaire du lait cru, la présence de résidus d'antibiotiques, ainsi que les niveaux de bactéries indicatrices d'hygiène et la présence de Staphylococcus coagulase positive ont été également déterminés. Les données recueillies dans le cadre de cette étude peuvent être utiles pour évaluer l'exposition des habitants du Niger aux micro-organismes pathogènes présents dans le lait.
Des échantillons ont été soumis à la microbiologie classique pour les dénombrements de la flore totale aérobie à 30 °C, le dénombrement de St. aureus et E. coli et des coliformes ; l'analyse métagénétique a été effectuée sur ces mêmes échantillons. Les amplicons d'ADNr 16S hypervariables V1-V3 ont été préparés pour chaque échantillon et séquencés avec la séquence MiSeq Illumina (kit V3). L'assignation taxonomique et le regroupement ont été effectués avec Mothur à l'aide de la base de données SILVA.
L'analyse métagénétique des données de séquençage pour la région V1-V3 de l'ADNr 16S a permis d'identifier les populations dominantes et d'évaluer leur abondance relative. Par ordre décroissant d'abondance, les phyla suivants ont été observés : Protéobactéries, Firmicutes, et Actinobactéries. Les principales espèces rencontrées étaient Acinetobacter, Staphylococcus, Klebsiella, Escherichia, Lactobacillus, Lactococcus et une partie de la population totale était composée d'isolats d'origine environnementale comme Enhydrobacter et Kocuria.
Le dépistage des résidus d'antibiotiques a été effectué à l'aide d'une trousse d'analyse biologique normalisée, le Delvotest®. Au total, sur les 192 échantillons de lait cru, 19 (9,9 %) étaient positifs.
Une enquête volontaire a été menée auprès des consommateurs de lait cru pour connaître les maladies d'origine alimentaire. D'après les réponses des consommateurs interrogés, un taux de 25 % de maladies d'origine alimentaire chez les personnes qui consomment directement du lait cru a été rapporté (194 enquêtés). Les résultats montrent que les règles d'hygiène ne sont pas respectées dans la production de lait cru, ce qui représente un risque dans le cas où le lait cru est directement consommé sans aucun traitement thermique avant consommation. Cela présente un risque grave pour la santé publique. En conclusion, la qualité du lait cru peut être améliorée en utilisant les bonnes pratiques d'hygiène pendant la traite, la collecte et le transport du lait cru et seul le traitement thermique du lait peut permettre de limiter les risques sanitaires pour les consommateurs.
