Evaluation de la diversité bactérienne et de son évolution pendant la conservation de la viande fraîche bovine de différentes origines emballée sous vide

Un grand nombre de bactéries lactiques associées à la viande sont connues comme d'importants producteurs de bactériocines. Ces bactériocines sont des toxines protéiques présentant une activité bactéricide ou bactériostatique contre des espèces proches de la souche productrice. La présence de certaines bactéries lactiques dans la viande fraîche pourrait donc prolonger la durée de conservation, et améliorer la stabilité microbienne et la sécurité de ce produit. Dans ce contexte, une étude a été réalisée sur des échantillons de contre-filet de différentes origines emballés sous vide, dans le but d’évaluer la diversité bactérienne et son évolution pendant la conservation. L’étude a été réalisée sur trois lots provenant d’Irlande, du Brésil et d’Australie, affichant respectivement une DLC de 35 jours, 120 jours et 140 jours. Après réception dans le laboratoire, les échantillons ont été conservés à 1 °C. Ensuite, pendant le dernier tiers de leur DLC, ils ont été conservés à 1 °C ou à +4 °C. Des dénombrements ont été réalisés : 1) aux ⅔ de la DLC et 2) à la fin de la DLC. Les germes dénombrés ont été : la flore aérobie totale à +22 °C, la flore lactique à +22 °C et les Enterobacteriaceae à +30 °C en utilisant le système automatique de dénombrement TEMPO®. Tous les échantillons conservés à 1 °C ont présenté une qualité microbiologique satisfaisante à la fin de la conservation. Par contre, la conservation à +4 °C a favorisé une croissance plus importante des bactéries lactiques et des Enterobacteriaceae. Dans le cas des Enterobacteriaceae, le seuil défini pour évaluer l’acceptabilité des différents lots a été dépassé. Les dénombrements ont permis de caractériser la dynamique de croissance des populations bactériennes, mais n’ont donné que très peu d’information sur la diversité bactérienne des échantillons. Dans le but de caractériser celle-ci, une étude métagénomique a été réalisée. Ce champ relativement nouveau de la génétique permet d'étudier les communautés de microorganismes dans leur environnement naturel, en contournant la nécessité de culture et isolement en laboratoire. Les résultats préliminaires révèlent qu’aux ⅔ de la DLC, Aquabacterium était le genre dominant dans les lots d’origines irlandaise et brésilienne, Pseudomonas était le genre dominant dans le lot d’origine australienne. A la fin de la DLC (après conservation à +4 °C), Aquabacterium et Escherichia étaient les genres dominants dans le lot d’origine irlandaise. L’ordre Lactobacillales était le plus abondant dans les lots d’origines brésilienne et australienne. Les différences dans la composition de la population bactérienne de la viande, en particulier en ce qui concerne les bactéries lactiques, pourraient expliquer les longues DLC appliquées dans certains pays. Ces recherches doivent être poursuivies pour identifier les populations bactériennes (et leur source) présentes dans ces viandes et pour étudier leur dynamique au cours de la conservation.