Abstract :
[fr] Parmi les techniques culture indépendante, le développement de l’ultra-séquençage a permis de positionner l’analyse métagénomique comme étant la meilleure alternative pour l’étude de microbiotes complexes. Durant ces trois dernières années, les études métagénomiques ont été consacrées essentiellement à l’analyse d’échantillons environnementaux. Ce travail décrit l’application de cette technique à l’étude des populations bactériennes de quatre types de fromages à pâte molle. Parmi ceux-ci, trois d’entre eux sont des fromages belges typiques à croute lavée (deux sont fabriqués avec du lait cru et le troisième avec du lait pasteurisé). Le quatrième est un fromage français crémeux à base de lait cru. Des analyses microbiologiques classiques et métagénomiques ciblant l’ADNr 16S ont été réalisées dans le cœur et sur la croute des quatre fromages, donnant un total de 8 échantillons. Au total, 48 genres et 163 espèces bactériennes ont été identifiées pour tous les échantillons. Comme attendu, Lactoccocus lactis subsp lactis et/ou cremoris sont les espèces les plus représentées dans le cœur des quatre fromages. Concernant la croute des fromages, les espèces bactériennes les plus abondantes sont Psychrobacter glacinola, Staphylococcus equorum, Corynebacterium casei et Marinilactibacillus psychrotolerans. A noter la présence de Brevibacterium spp et Psychroflexus spp qui permettent d’obtenir la couleur orangée de la croute.
Toutes ces espèces sont présentes en différentes proportions suivant l’origine et le processus de fabrication et sont connues pour leurs propriétés technologiques et/ou organoleptiques.
Les deux fromages belges au lait cru sont composés de beaucoup d’espèces bactériennes différentes. Tandis que le fromage au lait pasteurisé contient moins d’espèces, principalement Lactococcus lactis (97,6%) dans le cœur. Un résultat inattendu concerne la faible diversité bactérienne du fromage français crémeux à base de lait cru. Seulement deux espèces étaient majoritairement présentes : Lactoccocus lactis subsp cremoris et Leuconostoc citreum avec respectivement 94,9% et 4,9% dans le cœur et 93,8% et 5% dans la croute). Comparé avec les résultats des autres fromages à base de lait cru, ce résultat est particulièrement surprenant.
Le microbiote des fromages joue un rôle central sur le processus de fabrication, les qualités organoleptiques et la durée de vie commerciale des produits. L’analyse métagénomique est devenu un outil puissant, rapide et abordable pour identifier, comprendre et maitriser les flores impliquées
