Performance diagnostique en situation réelle du score prédictif «Allogenomics» dans une cohorte de 185 patients suspects de néphropathie héréditaire. - 2026
[en] Nephrogenetics provides an innovative etiological approach to chronic kidney disease (CKD). However, genetic testing remains complex, costly, and generates a large number of data, requiring targeted use. In 2023, Doreille A. et coll. proposed the Allogenomics Score (SAG) predictive for a positive molecular diagnosis, based on age, CKD stage, family history, and nosological category. A SAG below -2.230916 was associated with a negative predictive value (NPV) of 94 %. We test the SAG in a monocentric study (2023-2025), including 185 patients who underwent exome sequencing filtered on a 304-gene panel. Variants were ACMG-classified, and the individual SAG was calculated. Concordance between the a priori clinical hypothesis and the a posteriori molecular diagnosis was assessed using κ Cohen's coefficient. The median SAG was -1.32 (-2.14; -0.35), corresponding to a predicted probability of positive test of 21 %, with an observed diagnostic yield of 28 %. Clinico-molecular concordance was excellent (92.3 %, κ = 0.86). The probability of a positive genetic diagnosis was significantly associated with SAG (p = 0.042), but no significant association was observed with the -2.230916 threshold (which showed NPV of 84 % in our cohort). These findings indicate excellent clinico-molecular concordance but suboptimal performance of the proposed SAG threshold in clinical routine. [fr] La néphrogénétique offre une approche étiologique innovante de la maladie rénale chronique (MRC). Toutefois, ce diagnostic reste complexe, coûteux et générateur d’un grand nombre de données, nécessitant une utilisation ciblée. En 2023, Doreille. et coll. ont proposé le score allogenomics (SAG) prédictif d’un diagnostic moléculaire positif, selon l’âge, le stade de la MRC, les antécédents familiaux et l’entité nosologique. Un SAG inférieur à -2.230916 était associé à une valeur prédictive négative (VPN) de 94 %. Nous testons ce SAG dans une cohorte monocentrique (2023-2025) incluant 185 patients ayant bénéficié d’un exome filtré sur un panel de 304 gènes. Les variants ont été classés selon la catégorisation ACMG. La concordance entre l’hypothèse clinique initiale et le diagnostic moléculaire final a été évaluée par le kappa de Cohen. La médiane du SAG était de -1,32 (-2,14; -0,35), correspondant à une probabilité de test positif de 21 %. Le rendement diagnostique était de 28 %. La concordance clinico-moléculaire était excellente (92,3 %, κ= 0,86). La probabilité de diagnostic positif était significativement associée au SAG (p = 0,042), sans association significative avec le seuil -2.230916 dont la VPN était de 84 %. Ces résultats suggèrent une excellente concordance clinico-moléculaire, mais une performance sous-optimale du seuil SAG en routine clinique.
Disciplines :
Urology & nephrology
Author, co-author :
ILBERT, Cédric ; Centre Hospitalier Universitaire de Liège - CHU > > Service de néphrologie
MASSOZ, Laura ; Centre Hospitalier Universitaire de Liège - CHU > > Service de génétique
GRISART, Bernard ; Centre Hospitalier Universitaire de Liège - CHU > > Service de génétique
Seidel, Laurence ; Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la santé publique
JACQUINET, Adeline ; Centre Hospitalier Universitaire de Liège - CHU > > Service de génétique
Debray, François-Guillaume ; Université de Liège - ULiège > Département des sciences biomédicales et précliniques > Maladies métaboliques d'origine génétique
Weekers, Laurent ; Université de Liège - ULiège > Département des sciences cliniques > Néphrologie
Dideberg, Vinciane ; Université de Liège - ULiège > Département des sciences biomédicales et précliniques
Jouret, François ; Université de Liège - ULiège > Département des sciences cliniques > Néphrologie
Language :
French
Title :
Performance diagnostique en situation réelle du score prédictif «Allogenomics» dans une cohorte de 185 patients suspects de néphropathie héréditaire.
Alternative titles :
[en] Real-world diagnostic performance of the «Allogenomics» predictive score in a cohort of 185 patients with suspected inherited kidney disease.
Publication date :
February 2026
Journal title :
Revue Médicale de Liège
ISSN :
0370-629X
eISSN :
2566-1566
Publisher :
Université de Liège. Revue Médicale de Liège, Liège, Be