Évaluation du séquençage à haut débit du génome pour le typage moléculaire et la distinction des dermatophytes du complexe Trichophyton mentagrophytes / interdigitale / indotineae

Les dermatophytes sont des champignons filamenteux ayant un tropisme pour les tissus kératinisés (ongles, cheveux et peau). Il s’agit de l’agent le plus fréquent à l’origine d’une mycose. Il est aujourd’hui estimé que 30 % de la population mondiale en est impactée. Le coût annuel lié à leur prise en charge se chiffre à plus de 500 millions USD, c’est donc devenu un problème de santé publique. Par conséquent, il est essentiel de diagnostiquer et de traiter correctement ces dermatophytoses, sous peine d’une évolution progressive en infection chronique. Cependant, l’identification reste difficile et lente à l’heure actuelle. Pour pallier cela, la spectrométrie de masse MALDI-TOF a été envisagée, mais les résultats ont souligné un manque de sensibilité lors de l’application aux dermatophytes. La biologie moléculaire s’est donc présentée comme étant une alternative de choix. Actuellement, l’identification des dermatophytes au centre national de référence pour les mycoses de Liège (CNRML) est basée sur un couplage de l’examen micro et macroscopique des souches au séquençage du segment internal transcribed spacer 2, un code barre universel pour le catalogage des champignons. Cette approche, bien que très efficace dans sa globalité, se heurte à quelques difficultés lorsqu’il s’agit de distinguer les espèces qui forment le complexe Trichophyton mentagrophytes / interdigitale. Très proches l’une de l’autre, la distinction de ces deux espèces n’a pas été désignée comme étant une priorité dans la mesure où le traitement administré au patient est souvent identique. Néanmoins, depuis 2018, des rapports alarmants en provenance de l’Inde font état de l’émergence de souches résistantes à la terbinafine, antifongique de choix pour le traitement des dermatophytoses. Après investigation, il a été établi que ces phénomènes de résistance ont pour origine des mutations non-sens au niveau du gène qui code la squalène époxydase. Par ailleurs, ces souches furent considérées comme appartenant à l’espèce Trichophyton mentagrophytes jusqu’en 2020. Des recherches approfondies ont alors mis en évidence qu’il s’agissait en réalité d’une espèce distincte. Nommée Trichophyton indotineae, cette espèce fait aujourd’hui partie du complexe précédemment cité étant donné sa proximité génomique avec les deux souches qui forment ce dernier. Ces cas de dermatophytes résistants à la terbinafine ne sont pas limités aux frontières de l’Inde, puisqu’un premier cas fut détecté en Belgique il y a de cela deux ans. Cependant, les difficultés auxquelles fait face la méthode l’identification actuelle des dermatophytes empêche d’établir une estimation précise de la fréquence nationale de ces souches. De plus, la fréquence des souches résistantes à la terbinafine au sein de cette espèce a été décrite dans la littérature comme étant supérieure à 50 %. Face à ce constat, il devient essentiel de distinguer les espèces qui forment le complexe T. mentagrophytes/interdigitale/indotineae afin d’adapter au mieux la prise en charge du patient. C’est dans ce but que le CNRML a lancé cette étude rétrospective. En approfondissant les connaissances liées à cette nouvelle espèce (et, de manière plus globale, liées au complexe dont elle fait partie), ce centre entreprend le lancement d’une étude nationale prévue entre avril 2022 et avril 2023. Cette étude vise d’une part à établir la distribution de ces souches en Belgique et d’autre part à caractériser les mutations de la squalène époxydase qui circulent au sein des dermatophytes du territoire. Pour y parvenir, le CNRML s’est tourné vers le séquençage à haut-débit du génome.