Abstract :
[fr] Contexte : La cryptococcose est une mycose systémique et opportuniste faisant suite à une dysimmunité lymphocytaire, due principalement à l’infection par le VIH. Bien que le VIH et les espèces cryptococciques aient une coexistence historique en République démocratique du Congo (RDC), les données sur cette co-infection potentiellement mortelle restent rares. Dans cette thèse, nous avons analysé les profils épidémiologique, clinique, biologique et génétique de la cryptococcose chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à Kinshasa.
Matériels et méthodes : Une revue systématique et méta-analyse, deux études transversales dans trois cliniques de Kinshasa et une étude environnementale ont été réalisées entre 2019 et 2021. En plus des données cliniques et biologiques recueillies auprès des patients, nous avons caractérisé les souches de Cryptococcus en utilisant la PCR multiplex de sérotypage, le séquençage ITS et le Multi-Locus Sequence Typing (MLST). Le MALDI-TOF MS a été utilisé pour l'identification des isolats et la technique de microdilution en bouillon, selon le protocole EUCAST E. Def 7.3.1, a servi à déterminer la sensibilité des souches aux principaux agents antifongiques.
Résultats : La prévalence hospitalière de la cryptococcose neuro-méningée (CNM) a été estimée à 8,8 % dans la période précédant l'adoption de l'approche " Test and Treat " dans la prise en charge du VIH, avec un taux de mortalité de 34,8 %. À l’ère actuelle de consolidation de la disponibilité des thérapies antirétrovirales hautement actives, une prévalence plus élevée à 23,7 % a été évaluée dans les cliniques de Kinshasa. Trois espèces différentes de Cryptococcus ont été impliquées dans la CNM chez les PVVIH à Kinshasa, à savoir Cryptococcus neoformans (Cn) (79,3 %), Cryptococcus/Cutaneotrichosporon curvatus (Cc) (17,2 %) et Cryptococcus/Papiliotrema laurentii (Cl) (3,5 %). En comparant les espèces, la présentation clinique des patients était plus sévère dans la méningite à Cn que dans celle causée par Cc/Cl. La sensibilité des tests diagnostiques conventionnels sur le liquide céphalorachidien (LCR) [la coloration à l'encre de Chine et la détection des antigènes cryptococciques (CrAg)] était plus élevée pour la détection de Cn versus Cc/Cl. Parmi les Cn identifiés, sept sequences type (ST) différentes ont été distinguées par MLST, dont une ST (ST659) non encore identifiée dans le monde [ST93 (n = 15), ST5 (n = 2), ST53 (n = 1), ST31 (n = 1), ST4 (n = 1), ST69 (n = 1) et ST659 (n = 2)]. Bien que la majorité des patients aient reçu une trithérapie antifongique, l'issue médicale était péjorative dans 31,8 % des cas, sans différence entre les infections à Cn versus Cc/Cl. Globalement, seule la souche Cl était résistante à l'amphotéricine B et à la 5-fluorocytosine (5FC), une souche de Cn était résistante à la 5FC, et deux souches de Cc et deux de Cn étaient résistantes au FCZ. Parmi les patients asymptomatiques avec moins de 200 CD4/μL testés pour les CrAg, environ 18 % étaient positifs dans le sérum, et 7,2 % (de tous les patients inclus) étaient positifs dans le LCR. La comparaison génotypique des isolats provenant de patients CNM symptomatiques versus asymptomatiques a montré que dans les deux présentations cliniques, la ST93 prédomine dans notre contexte, bien qu'une ST réputée de pathogénicité relativement faible, ait été identifié chez un patient asymptomatique. Nous n'avons pas pu démontrer l’association entre les souches environnementales de Cryptococcus (isolées dans et - près du domicile des patients) et les isolats impliqués dans les infections cliniques, en raison de l'absence d'isolement de Cryptococcus dans ces environnements.
Conclusion : Le fardeau ainsi que les particularités de la cryptococcose chez les PVVIH congolaises tels que décrits dans ce travail constituent une base considérable pour la meilleure compréhension et l’amélioration de la prise en charge de cette mycose opportuniste. De plus, ces données suggèrent la nécessité d’études couvrant toute la RDC et l’organisation d’un programme national de prise en charge des maladies fongiques invasives.
[en] Background: Cryptococcosis is a systemic and opportunistic mycosis. Decreased lymphocytic immunity, as may result from HIV infection, is the main risk factor. Although HIV and cryptococcal species have historically coexisted in the Democratic Republic of Congo (DRC), data on this potentially lethal coinfection remain scarce. In this thesis, we analyse the epidemiological, clinical, biological and genetic profiles of cryptococcosis in people living with HIV (PLHIV) in Kinshasa.
Materials and methods: A systematic review and meta-analysis, two cross-sectional studies in three Kinshasa clinics, and an environmental study were conducted between 2019 and 2021. In addition to collecting clinical and biological data from the patients, we characterised Cryptococcus strains using multiplex serotyping PCR, ITS sequencing and Multi-Locus Sequence Typing (MLST). MALDI-TOF MS was used for isolate identification and the broth microdilution technique (according to the EUCAST E. Def 7.3.1 protocol) was used to determine the strains’ susceptibility to common antifungal agents.
Results: The hospital prevalence of neuromeningeal cryptococcosis (NMC) is estimated at 8.8% in the period prior to the adoption of the “Test and Treat” approach to HIV management, with a mortality rate of 34.8%. In the current era of consolidation of the availability of highly active antiretroviral therapies, a higher prevalence of 23.7% was evaluated in the Kinhasa clinics supported by Médecins Sans Frontières (MSF). Three different cryptococcal species are implicated in NMC in PLHIV in Kinshasa, namely Cryptococcus neoformans (Cn) (79.3%), Cryptococcus/Cutaneotrichosporon curvatus (Cc) (17.2%) and Cryptococcus/Papiliotrema laurentii (Cl) (3.5%). When comparing species, the clinical presentation of patients was more severe in Cn meningitis than in Cc/Cl. Sensitivity of conventional diasgnostic tests on cerebrospinal fluid (CSF) [Indian ink staining and detection of cryptococcal antigens (CrAg)] was higher for detecting Cn than for Cc/Cl. Of the Cn identified, seven different sequences type (ST) were distinguished by MLST, including one ST (ST659) not previously identified [ST93 (n = 15), ST5 (n = 2), ST53 (n = 1), ST31 (n = 1), ST4 (n = 1), ST69 (n = 1), and ST659 (n = 2)]. Although the majority of patients received triple antifungal therapy, the medical outcome was poor in 31.8% of cases, with no difference between Cn and Cc/Cl infection. Overall, only the Cl strain was resistant to amphotericin B and 5-flucytosine (5FC), a Cn sample was resistant to 5FC, and two Cc and two Cn strains were resistant to FCZ. Among asymptomatic patients with less than 200 CD4/μL tested for CrAg, approximately 18% were positive in serum, and 7.2% (of all included patients) were positive in CSF. Genotypic comparison of isolates from symptomatic and asymptomatic NMC patients showed that in both presentations, ST93 predominates in our setting, although a relatively less pathogenic ST was identified in one asymptomatic patient. We could not demonstrate an association between environmental Cryptococcus strains (isolated in and near patient’s homes) and the isolates involved in clinical infections, due to the lack of Cryptococcus isolation from these environments.
Conclusions: The burden and characteristics of cryptococcosis in Congolese PLHIV as described in this study provide a basis for better understanding and managing this opportunistic fungal disease. Furthermore, these data suggest the need for studies covering the whole of the DRC and the organisation of a national invasive fungal diseases’ management programme.
