Épidémiologie clinique et caractérisation moléculaire d’isolats de Cryptococcus spp. infectant les PVVIH à Kinshasa, RDC

Contexte
Au cours de l’infection à VIH, la cryptococcose neuro-méningée (CNM) représente l’une des infections opportunistes ayant une morbi-mortalité la plus élevée. L’identification des espèces de cryptocoques en cause est d’une grande importance dans la surveillance épidémiologique et une condition de succès thérapeutique.
Objectifs
La présente étude s'est concentrée sur la caractérisation moléculaire d’isolats de Cryptococcus spp. obtenus auprès de personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à Kinshasa (RDC), et a examiné l’association possible entre les facteurs de gravité de la CNM et les profils de typage des séquences multilocus (MLST) de Cryptococcus neoformans.
Méthodes
Le liquide céphalo-spinal (LCS) a été collecté auprès de PVVIH présentant un syndrome méningé, et cultivé sur milieu de Sabouraud (dextrose agar). Les isolats ont été caractérisés par PCR multiplex de sérotypage, MALDI-TOF MS, séquençage de la région ITS et analyse MLST des séquences extraites des données de séquençage de nouvelle génération (NGS). Les facteurs de gravité de la CNM, tels que l'hypoglycorrhachie (<50mg/dL), la pression d'ouverture du LCR très élevée (>30 cm d'eau), et l'issue péjorative des patients ont été comparés en fonction des séquences type (ST) du MLST.
Résultats
Vingt-trois des 29 isolats de Cryptococcus spp. ont été identifiés comme étant de sérotype A par PCR multiplexe de sérotypage (79,3% ; 95% IC : 65,5-93,1), alors que six (20,7% ; 95% IC : 6,9-34,5) n'étaient pas sérotypables à l’aide de cette technique. Tous les 29 isolats ont été identifiés par séquençage ITS comme suit : Cryptococcus neoformans (79,3%), Cryptococcus curvatus (17,2%), et Cryptococcus laurentii (3,5%). Les 23 isolats de C. neoformans ont tous été identifiés comme étant de type moléculaire (MT) VNI en utilisant le schéma consensuel du groupe Cryptococcus neoformans/C. gattii MLST ISHAM, incluant sept ST différentes : ST93 (n=15), ST5 (n=2), ST53 (n=1), ST31 (n=1), ST4 (n=1), ST69 (n=1), et une nouvelle ST identifié pour la première fois dans le présent travail et assignée comme ST659 (n=2). Parmi les facteurs de gravité de la CNM considérés dans cette étude, seule l'issue péjorative de patients était associée aux infections causées par les ST minoritaires (87,5%, p=0,02) (ST53, ST31, ST5, ST4, ST659 et ST69).
Conclusions
L'analyse moléculaire des isolats de Cryptococcus spp. a montré une grande diversité d'espèces et une hétérogénéité génétique au sein du seul type moléculaire identifié, VNI. En outre, les infections dues à des ST minoritaires ont été associées à une issue plus péjorative que celles dues à la principale ST (ST93).
Recommandations
Les présents résultats devront inciter le Programme de Lutte contre le Sida ainsi que les prestataires de soins à, effectivement intégrer dans le cadre de la prise en charge de routine, la possibilité d'une telle diversité d'espèces de cryptocoques et d'une telle hétérogénéité de Cryptococcus neoformans au sein d'une même population et la nécessité d'une caractérisation moléculaire plus avancée des souches pour la surveillance épidémiologique et clinique. En effet, les profils biologique et clinique, y compris la sensibilité aux antifongiques et les résultats d’analyses microbiologiques de routine, varie d'une espèce à l'autre et même d'une séquence type à l'autre.