[en] Effector functions of immunoglobulin G (IgG) are regulated by the composition of a glycan moiety, thus affecting activity of the immune system. Aberrant glycosylation of IgG has been observed in many diseases, but little is understood about the underlying mechanisms. We performed a genome-wide association study of IgG N-glycosylation (N = 8090) and, using a data-driven network approach, suggested how associated loci form a functional network. We confirmed in vitro that knockdown of IKZF1 decreases the expression of fucosyltransferase FUT8, resulting in increased levels of fucosylated glycans, and suggest that RUNX1 and RUNX3, together with SMARCB1, regulate expression of glycosyltransferase MGAT3. We also show that variants affecting the expression of genes involved in the regulation of glycoenzymes colocalize with variants affecting risk for inflammatory diseases. This study provides new evidence that variation in key transcription factors coupled with regulatory variation in glycogenes modifies IgG glycosylation and has influence on inflammatory diseases.
Disciplines :
Gastroenterology & hepatology
Author, co-author :
Klarić, Lucija
Tsepilov, Yakov A.
Stanton, Chloe M.
Mangino, Massimo
Sikka, Timo Tõnis
Esko, Tõnu
Pakhomov, Eugene
Salo, Perttu
Deelen, Joris
McGurnaghan, Stuart J.
Keser, Toma
Vučković, Frano
Ugrina, Ivo
Krištić, Jasminka
Gudelj, Ivan
Štambuk, Jerko
Plomp, Rosina
Pučić-Baković, Maja
Pavić, Tamara
Vilaj, Marija
Trbojević-Akmačić, Irena
Drake, Camilla
Dobrinić, Paula
Mlinarec, Jelena
Jelušić, Barbara
Richmond, Anne
Timofeeva, Maria
Grishchenko, Alexander K.
Dmitrieva, Julia
Bermingham, Mairead L.
Sharapov, Sodbo Zh
Farrington, Susan M.
Theodoratou, Evropi
Uh, Hae-Won
Beekman, Marian
Slagboom, Eline P.
Louis, Edouard ; Université de Liège - ULiège > Département des sciences cliniques > Hépato-gastroentérologie
Georges, Michel ; Université de Liège - ULiège > Dpt. de gestion vétérinaire des Ressources Animales (DRA) > Génomique animale
M. Dalziel, M. Crispin, C. N. Scanlan, N. Zitzmann, R. A. Dwek, Emerging principles for the therapeutic exploitation of glycosylation. Science 343, 1235681 (2014).
T. Li, D. J. DiLillo, S. Bournazos, J. P. Giddens, J. V. Ravetch, L.-X. Wang, Modulating IgG effector function by Fc glycan engineering. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 114, 3485–3490 (2017).
I. Gudelj, G. Lauc, M. Pezer, Immunoglobulin G glycosylation in aging and diseases. Cell. Immunol. 333, 65–79 (2018).
N. Taniguchi, K. Honke, M. Fukuda, Handbook of Glycosyltransferases and Related Genes (Springer Science & Business Media, 2011).
J. E. Huffman, A. Knežević, V. Vitart, J. Kattla, B. Adamczyk, M. Novokmet, W. Igl, M. Pučić, L. Zgaga, Å. Johannson, I. Redžić, O. Gornik, T. Zemunik, O. Polašek, I. Kolčić, M. Pehlić, C. A. M. Koeleman, S. Campbell, S. H. Wild, N. D. Hastie, H. Campbell, U. Gyllensten, M. Wuhrer, J. F. Wilson, C. Hayward, I. Rudan, P. M. Rudd, A. F. Wright, G. Lauc, Polymorphisms in B3GAT1, SLC9A9 and MGAT5 are associated with variation within the human plasma N-glycome of 3533 European adults. Hum. Mol. Genet. 20, 5000–5011 (2011).
G. Lauc, J. E. Huffman, M. Pučić, L. Zgaga, B. Adamczyk, A. Mužinić, M. Novokmet, O. Polašek, O. Gornik, J. Krištić, T. Keser, V. Vitart, B. Scheijen, H.-W. Uh, M. Molokhia, A. L. Patrick, P. McKeigue, I. Kolčić, I. K. Lukić, O. Swann, F. N. van Leeuwen, L. R. Ruhaak, J. J. Houwing-Duistermaat, P. E. Slagboom, M. Beekman, A. J. M. de Craen, A. M. Deelder, Q. Zeng, W. Wang, N. D. Hastie, U. Gyllensten, J. F. Wilson, M. Wuhrer, A. F. Wright, P. M. Rudd, C. Hayward, Y. Aulchenko, H. Campbell, I. Rudan, Loci associated with N-glycosylation of human immunoglobulin G show pleiotropy with autoimmune diseases and haematological cancers. PLOS Genet. 9, e1003225 (2013).
X. Shen, L. Klarić, S. Sharapov, M. Mangino, Z. Ning, D. Wu, I. Trbojević-Akmačić, M. Pučić-Baković, I. Rudan, O. Polašek, C. Hayward, T. D. Spector, J. F. Wilson, G. Lauc, Y. S. Aulchenko, Multivariate discovery and replication of five novel loci associated with Immunoglobulin G N-glycosylation. Nat. Commun. 8, 447 (2017).
A. Wahl, E. van den Akker, L. Klaric, J. Štambuk, E. Benedetti, R. Plomp, G. Razdorov, I. Trbojević-Akmačić, J. Deelen, D. van Heemst, P. E. Slagboom, F. Vučković, H. Grallert, J. Krumsiek, K. Strauch, A. Peters, T. Meitinger, C. Hayward, M. Wuhrer, M. Beekman, G. Lauc, C. Gieger, Genome-wide association study on immunoglobulin G glycosylation patterns. Front. Immunol. 9, 277 (2018).
J. Yang, T. Ferreira, A. P. Morris, S. E. Medland; Genetic Investigation of ANthropometric Traits (GIANT) Consortium; DIAbetes Genetics Replication And Meta-analysis (DIAGRAM) Consortium, P. A. F. Madden, A. C. Heath, N. G. Martin, G. W. Montgomery, M. N. Weedon, R. J. Loos, T. M. Frayling, M. I. McCarthy, J. N. Hirschhorn, M. E. Goddard, P. M. Visscher, Conditional and joint multiple-SNP analysis of GWAS summary statistics identifies additional variants influencing complex traits. Nat. Genet. 44, 369–75, S1-3 (2012).
T. H. Pers, J. M. Karjalainen, Y. Chan, H.-J. Westra, A. R. Wood, J. Yang, J. C. Lui, S. Vedantam, S. Gustafsson, T. Esko, T. Frayling, E. K. Speliotes; Genetic Investigation of ANthropometric Traits (GIANT) Consortium, M. Boehnke, S. Raychaudhuri, R. S. N. Fehrmann, J. N. Hirschhorn, L. Franke, Biological interpretation of genome-wide association studies using predicted gene functions. Nat. Commun. 6, 5890 (2015).
W. McLaren, L. Gil, S. E. Hunt, H. S. Riat, G. R. S. Ritchie, A. Thormann, P. Flicek, F. Cunningham, The Ensembl Variant Effect Predictor. Genome Biol. 17, 122 (2016).
Z. Zhu, F. Zhang, H. Hu, A. Bakshi, M. R. Robinson, J. E. Powell, G. W. Montgomery, M. E. Goddard, N. R. Wray, P. M. Visscher, J. Yang, Integration of summary data from GWAS and eQTL studies predicts complex trait gene targets. Nat. Genet. 48, 481–487 (2016).
Y. Momozawa, J. Dmitrieva, E. Théâtre, V. Deffontaine, S. Rahmouni, B. Charloteaux, F. Crins, E. Docampo, M. Elansary, A.-S. Gori, C. Lecut, R. Mariman, M. Mni, C. Oury, I. Altukhov, D. Alexeev, Y. Aulchenko, L. Amininejad, G. Bouma, F. Hoentjen, M. Löwenberg, B. Oldenburg, M. J. Pierik, A. E. vander Meulen-de Jong, C. Janneke van der Woude, M. C. Visschedijk; The International IBD Genetics Consortium, M. Lathrop, J.-P. Hugot, R. K. Weersma, M. De Vos, D. Franchimont, S. Vermeire, M. Kubo, E. Louis, M. Georges, IBD risk loci are enriched in multigenic regulatory modules encompassing putative causative genes. Nat. Commun. 9, 2427 (2018).
H.-J. Westra, M. J. Peters, T. Esko, H. Yaghootkar, C. Schurmann, J. Kettunen, M. W. Christiansen, B. P. Fairfax, K. Schramm, J. E. Powell, A. Zhernakova, D. V. Zhernakova, J. H. Veldink, L. H. Van den Berg, J. Karjalainen, S. Withoff, A. G. Uitterlinden, A. Hofman, F. Rivadeneira, P. A. C. ‘t Hoen, E. Reinmaa, K. Fischer, M. Nelis, L. Milani, D. Melzer, L. Ferrucci, A. B. Singleton, D. G. Hernandez, M. A. Nalls, G. Homuth, M. Nauck, D. Radke, U. Völker, M. Perola, V. Salomaa, J. Brody, A. Suchy-Dicey, S. A. Gharib, D. A. Enquobahrie, T. Lumley, G. W. Montgomery, S. Makino, H. Prokisch, C. Herder, M. Roden, H. Grallert, T. Meitinger, K. Strauch, Y. Li, R. C. Jansen, P. M. Visscher, J. C. Knight, B. M. Psaty, S. Ripatti, A. Teumer, T. M. Frayling, A. Metspalu, J. B. J. van Meurs, L. Franke, Systematic identification of trans eQTLs as putative drivers of known disease associations. Nat. Genet. 45, 1238–1243 (2013).
K. Watanabe, E. Taskesen, A. van Bochoven, D. Posthuma, Functional mapping and annotation of genetic associations with FUMA. Nat. Commun. 8, 1826 (2017).
D. Szklarczyk, J. H. Morris, H. Cook, M. Kuhn, S. Wyder, M. Simonovic, A. Santos, N. T. Doncheva, A. Roth, P. Bork, L. J. Jensen, C. von Mering, The STRING database in 2017: Quality-controlled protein–protein association networks, made broadly accessible. Nucleic Acids Res. 45, D362–D368 (2017).
S. Z. Sharapov, Y. A. Tsepilov, L. Klaric, M. Mangino, G. Thareja, A. S. Shadrina, M. Simurina, C. Dagostino, J. Dmitrieva, M. Vilaj, F. Vuckovic, T. Pavic, J. Stambuk, I. Trbojevic-Akmacic, J. Kristic, J. Simunovic, A. Momcilovic, H. Campbell, M. Doherty, M. G. Dunlop, S. M. Farrington, M. Pucic-Bakovic, C. Gieger, M. Allegri, E. Louis, M. Georges, K. Suhre, T. Spector, F. M. K. Williams, G. Lauc, Y. S. Aulchenko, Defining the genetic control of human blood plasma N-glycome using genome-wide association study. Hum. Mol. Genet. 28, 2062–2077 (2019).
M. Thomas-Chollier, C. Herrmann, M. Defrance, O. Sand, D. Thieffry, J. van Helden, RSAT peak-motifs: Motif analysis in full-size ChIP-seq datasets. Nucleic Acids Res. 40, e31 (2012).
L. C. Spender, H. J. Whiteman, C. E. Karstegl, P. J. Farrell, Transcriptional cross-regulation of RUNX1 by RUNX3 in human B cells. Oncogene 24, 1873–1881 (2005).
B. Morgan, L. Sun, N. Avitahl, K. Andrikopoulos, T. Ikeda, E. Gonzales, P. Wu, S. Neben, K. Georgopoulos, Aiolos, a lymphoid restricted transcription factor that interacts with Ikaros to regulate lymphocyte differentiation. EMBO J. 16, 2004–2013 (1997).
I. Brockhausen, H. Schachter, in Glycosyltransferases Involved in N- and O-Glycan biosynthesis, H. Gabius, S. Gabius, Eds. (Chapman & Hall, 1997), pp. 79–113.
Y. Miura, T. Endo, Glycomics and glycoproteomics focused on aging and age-related diseases—Glycans as a potential biomarker for physiological alterations. Biochim. Biophys. Acta 1860, 1608–1614 (2016).
E. Maverakis, K. Kim, M. Shimoda, M. E. Gershwin, F. Patel, R. Wilken, S. Raychaudhuri, L. R. Ruhaak, C. B. Lebrilla, Glycans in the immune system and The Altered Glycan Theory of Autoimmunity: A critical review. J. Autoimmun. 57, 1–13 (2015).
N. Taniguchi, Y. Kizuka, Glycans and cancer: Role of N-glycans in cancer biomarker, progression and metastasis, and therapeutics. Adv. Cancer Res. 126, 11–51 (2015).
S. Durinck, P. T. Spellman, E. Birney, W. Huber, Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt. Nat. Protoc. 4, 1184–1191 (2009).
J. Krištić, O. O. Zaytseva, R. Ram, Q. Nguyen, M. Novokmet, F. Vučković, M. Vilaj, I. Trbojević-Akmačić, M. Pezer, K. M. Davern, G. Morahan, G. Lauc, Profiling and genetic control of the murine immunoglobulin G glycome. Nat. Chem. Biol. 14, 516–524 (2018).
H. H. Freeze, Genetic defects in the human glycome. Nat. Rev. Genet. 7, 537–551 (2006).
B. Niebuhr, N. Kriebitzsch, M. Fischer, K. Behrens, T. Günther, M. Alawi, U. Bergholz, U. Müller, S. Roscher, M. Ziegler, F. Buchholz, A. Grundhoff, C. Stocking, Runx1 is essential at two stages of early murine B-cell development. Blood 122, 413–423 (2013).
M. Sellars, B. Reina-San-Martin, P. Kastner, S. Chan, Ikaros controls isotype selection during immunoglobulin class switch recombination. J. Exp. Med. 206, 1073–1087 (2009).
J. H. Wang, N. Avitahl, A. Cariappa, C. Friedrich, T. Ikeda, A. Renold, K. Andrikopoulos, L. Liang, S. Pillai, B. A. Morgan, K. Georgopoulos, Aiolos regulates B cell activation and maturation to effector state. Immunity 9, 543–553 (1998).
C. M. Karsten, M. K. Pandey, J. Figge, R. Kilchenstein, P. R. Taylor, M. Rosas, J. U. McDonald, S. J. Orr, M. Berger, D. Petzold, V. Blanchard, A. Winkler, C. Hess, D. M. Reid, I. V. Majoul, R. T. Strait, N. L. Harris, G. Köhl, E. Wex, R. Ludwig, D. Zillikens, F. Nimmerjahn, F. D. Finkelman, G. D. Brown, M. Ehlers, J. Köhl, Anti-inflammatory activity of IgG1 mediated by Fc galactosylation and association of FcRIIB and dectin-1. Nat. Med. 18, 1401–1406 (2012).
R. L. Shields, J. Lai, R. Keck, L. Y. O’Connell, K. Hong, Y. G. Meng, S. H. A. Weikert, L. G. Presta, Lack of fucose on human IgG1 N-linked oligosaccharide improves binding to human FcRIII and antibody-dependent cellular toxicity. J. Biol. Chem. 277, 26733–26740 (2002).
S. Shinzaki, H. Iijima, T. Nakagawa, S. Egawa, S. Nakajima, S. Ishii, T. Irie, Y. Kakiuchi, T. Nishida, M. Yasumaru, T. Kanto, M. Tsujii, S. Tsuji, T. Mizushima, H. Yoshihara, A. Kondo, E. Miyoshi, N. Hayashi, IgG oligosaccharide alterations are a novel diagnostic marker for disease activity and the clinical course of inflammatory bowel disease. Am. J. Gastroenterol. 103, 1173–1181 (2008).
M. Šimurina, N. de Haan, F. Vučković, N. A. Kennedy, J. Štambuk, D. Falck, I. Trbojević-Akmačić, F. Clerc, G. Razdorov, A. Khon, A. Latiano, R. D’Incà, S. Danese, S. Targan, C. Landers, M. Dubinsky; Inflammatory Bowel Disease Biomarkers Consortium, D. P. B. McGovern, V. Annese, M. Wuhrer, G. Lauc, Glycosylation of immunoglobulin G associates with clinical features of inflammatory bowel diseases. Gastroenterology 154, 1320–1333.e10 (2018).
R. B. Parekh, R. A. Dwek, B. J. Sutton, D. L. Fernandes, A. Leung, D. Stanworth, T. W. Rademacher, T. Mizuochi, T. Taniguchi, K. Matsuta, F. Takeuchi, Y. Nagano, T. Miyamoto, A. Kobata, Association of rheumatoid arthritis and primary osteoarthritis with changes in the glycosylation pattern of total serum IgG. Nature 316, 452–457 (1985).
M. Pucić, A. Knežević, J. Vidič, B. Adamczyk, M. Novokmet, O. Polašek, O. Gornik, S. Šupraha-Goreta, M. R. Wormald, I. Redžić, H. Campbell, A. Wright, N. D. Hastie, J. F. Wilson, I. Rudan, M. Wuhrer, P. M. Rudd, D. Josić, G. Lauc, High throughput isolation and glycosylation analysis of IgG–variability and heritability of the IgG glycome in three isolated human populations. Mol. Cell. Proteomics 10, M111.010090 (2011).
J. T. Leek, svaseq: Removing batch effects and other unwanted noise from sequencing data. Nucleic Acids Res. 42, e161 (2014).
T. W. Winkler, F. R. Day, D. C. Croteau-Chonka, A. R. Wood, A. E. Locke, R. Mägi, T. Ferreira, T. Fall, M. Graff, A. E. Justice, J. Luan, S. Gustafsson, J. C. Randall, S. Vedantam, T. Workalemahu, T. O. Kilpeläinen, A. Scherag, T. Esko, Z. Kutalik, I. M. Heid, R. J. F. Loos; Genetic Investigation of Anthropometric Traits (GIANT) Consortium, Quality control and conduct of genome-wide association meta-analyses. Nat. Protoc. 9, 1192–1212 (2014).
C. J. Willer, Y. Li, G. R. Abecasis, METAL: Fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans. Bioinformatics 26, 2190–2191 (2010).
J. Li, L. Ji, Adjusting multiple testing in multilocus analyses using the eigenvalues of a correlation matrix. Heredity 95, 221–227 (2005).
J. M. Whiteheads Pavlides, Z. Zhu, J. Gratten, A. F. McRae, N. R. Wray, J. Yang, Predicting gene targets from integrative analyses of summary data from GWAS and eQTL studies for 28 human complex traits. Genome Med. 8, 84 (2016).
B. H. Smith, A. Campbell, P. Linksted, B. Fitzpatrick, C. Jackson, S. M. Kerr, I. J. Deary, D. J. Macintyre, H. Campbell, M. McGilchrist, L. J. Hocking, L. Wisely, I. Ford, R. S. Lindsay, R. Morton, C. N. A. Palmer, A. F. Dominiczak, D. J. Porteous, A. D. Morris, Cohort profile: Generation Scotland: Scottish family health study (GS:SFHS). The study, its participants and their potential for genetic research on health and illness. Int. J. Epidemiol. 42, 689–700 (2013).
C. C. Chang, C. C. Chow, L. C. Tellier, S. Vattikuti, S. M. Purcell, J. J. Lee, Second-generation PLINK: Rising to the challenge of larger and richer datasets. Gigascience 4, 7 (2015).
P. Shannon, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, T. Ideker, Cytoscape: A software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res. 13, 2498–2504 (2003).
S. S. P. Rao, M. H. Huntley, N. C. Durand, E. K. Stamenova, I. D. Bochkov, J. T. Robinson, A. L. Sanborn, I. Machol, A. D. Omer, E. S. Lander, E. L. Aiden, A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell 159, 1665–1680 (2014).
J. E. Huffman, M. Pučić-Baković, L. Klarić, R. Hennig, M. H. J. Selman, F. Vučković, M. Novokmet, J. Krištić, M. Borowiak, T. Muth, O. Polašek, G. Razdorov, O. Gornik, R. Plomp, E. Theodoratou, A. F. Wright, I. Rudan, C. Hayward, H. Campbell, A. M. Deelder, U. Reichl, Y. S. Aulchenko, E. Rapp, M. Wuhrer, G. Lauc, Comparative performance of four methods for high-throughput glycosylation analysis of immunoglobulin G in genetic and epidemiological research. Mol. Cell. Proteomics 13, 1598–1610 (2014).
J. Krištić, F. Vučković, C. Menni, L. Klarić, T. Keser, I. Beceheli, M. Pučić-Baković, M. Novokmet, M. Mangino, K. Thaqi, P. Rudan, N. Novokmet, J. Sarac, S. Missoni, I. Kolčić, O. Polašek, I. Rudan, H. Campbell, C. Hayward, Y. Aulchenko, A. Valdes, J. F. Wilson, O. Gornik, D. Primorac, V. Zoldoš, T. Spector, G. Lauc, Glycans are a novel biomarker of chronological and biological ages. J. Gerontol. A Biol. Sci. Med. Sci. 69, 779–789 (2014).
C. Menni, T. Keser, M. Mangino, J. T. Bell, I. Erte, I. Akmačić, F. Vučković, M. Pučić Baković, O. Gornik, M. I. McCarthy, V. Zoldoš, T. D. Spector, G. Lauc, A. M. Valdes, Glycosylation of immunoglobulin G: Role of genetic and epigenetic influences. PLOS ONE 8, e82558 (2013).
I. Trbojević Akmačić, I. Ugrina, G. Lauc, Comparative analysis and validation of different steps in glycomics studies, in Methods in Enzymology, Volume 586: Chapter Three, A. K. Shukla, Eds. (Elsevier, Netherlands, 2017).
A. Moayyeri, C. J. Hammond, D. J. Hart, T. D. Spector, The UK Adult Twin Registry (TwinsUK Resource). Twin Res. Hum. Genet. 16, 144–149 (2012).
T. D. Spector, F. M. K. Williams, The UK adult twin registry (TwinsUK). Twin Res. Hum. Genet. 9, 899–906 (2006).
R. McQuillan, A.-L. Leutenegger, R. Abdel-Rahman, C. S. Franklin, M. Pericic, L. Barac-Lauc, N. Smolej-Narancic, B. Janicijevic, O. Polasek, A. Tenesa, A. K. MacLeod, S. M. Farrington, P. Rudan, C. Hayward, V. Vitart, I. Rudan, S. H. Wild, M. G. Dunlop, A. F. Wright, H. Campbell, J. F. Wilson, Runs of homozygosity in European populations. Am. J. Hum. Genet. 83, 359–372 (2008).
I. Rudan, A. Marušić, S. Janković, K. Rotim, M. Boban, G. Lauc, I. Grković, Z. Đogaš, T. Zemunik, Z. Vatavuk, G. Benčić, D. Rudan, R. Mulić, V. Krželj, J. Terzić, D. Stojanović, D. Puntarić, E. Bilić, D. Ropac, A. Vorko-Jović, A. Znaor, R. Stevanović, Z. Biloglav, O. Polašek, “10 001 Dalmatians:” Croatia launches its national biobank. Croat. Med. J. 50, 4–6 (2009).
V. Vitart, I. Rudan, C. Hayward, N. K. Gray, J. Floyd, C. N. Palmer, S. A. Knott, I. Kolcic, O. Polasek, J. Graessler, J. F. Wilson, A. Marinaki, P. L. Riches, X. Shu, B. Janicijevic, N. Smolej-Narancic, B. Gorgoni, J. Morgan, S. Campbell, Z. Biloglav, L. Barac-Lauc, M. Pericic, I. M. Klaric, L. Zgaga, T. Skaric-Juric, S. H. Wild, W. A. Richardson, P. Hohenstein, C. H. Kimber, A. Tenesa, L. A. Donnelly, L. D. Fairbanks, M. Aringer, P. M. McKeigue, S. H. Ralston, A. D. Morris, P. Rudan, N. D. Hastie, H. Campbell, A. F. Wright, SLC2A9 is a newly identified urate transporter influencing serum urate concentration, urate excretion and gout. Nat. Genet. 40, 437–442 (2008).
L. Leitsalu, T. Haller, T. Esko, M.-L. Tammesoo, H. Alavere, H. Snieder, M. Perola, P. C. Ng, R. Mägi, L. Milani, K. Fischer, A. Metspalu, Cohort profile: Estonian biobank of the estonian genome center, University of Tartu. Int. J. Epidemiol. 44, 1137–1147 (2015).
K. Borodulin, H. Tolonen, P. Jousilahti, A. Jula, A. Juolevi, S. Koskinen, K. Kuulasmaa, T. Laatikainen, S. Männistö, M. Peltonen, M. Perola, P. Puska, V. Salomaa, J. Sundvall, S. M. Virtanen, E. Vartiainen, Cohort profile: The national FINRISK study. Int. J. Epidemiol. 47, 696–696i (2018).
COGENT Study, R. S. Houlston, E. Webb, P. Broderick, A. M. Pittman, M. C. Di Bernardo, S. Lubbe, I. Chandler, J. Vijayakrishnan, K. Sullivan, S. Penegar; Colorectal Cancer Association Study Consortium, L. Carvajal-Carmona, K. Howarth, E. Jaeger, S. L. Spain, A. Walther, E. Barclay, L. Martin, M. Gorman, E. Domingo, A. S. Teixeira; CoRGI Consortium, D. Kerr, J.-B. Cazier, I. Niittymäki, S. Tuupanen, A. Karhu, L. A. Aaltonen, I. P. M. Tomlinson, S. M. Farrington, A. Tenesa, J. G. D. Prendergast, R. A. Barnetson, R. Cetnarskyj, M. E. Porteous, P. D. P. Pharoah, T. Koessler, J. Hampe, S. Buch, C. Schafmayer, J. Tepel, S. Schreiber, H. Völzke, J. Chang-Claude, M. Hoffmeister, H. Brenner, B. W. Zanke, A. Montpetit, T. J. Hudson, S. Gallinger, H. Campbell, M. G. Dunlop, Meta-analysis of genome-wide association data identifies four new susceptibility loci for colorectal cancer. Nat. Genet. 40, 1426–1435 (2008).
M. G. Dunlop, S. E. Dobbins, S. M. Farrington, A. M. Jones, C. Palles, N. Whiffin, A. Tenesa, S. Spain, P. Broderick, L.-Y. Ooi, E. Domingo, C. Smillie, M. Henrion, M. Frampton, L. Martin, G. Grimes, M. Gorman, C. Semple, Y. P. Ma, E. Barclay, J. Prendergast, J.-B. Cazier, B. Olver, S. Penegar, S. Lubbe, I. Chander, L. G. Carvajal-Carmona, S. Ballereau, A. Lloyd, J. Vijayakrishnan, L. Zgaga, I. Rudan, E. Theodoratou; Colorectal Tumour Gene Identification (CORGI) Consortium, J. M. Starr, I. Deary, I. Kirac, D. Kovacević, L. A. Aaltonen, L. Renkonen-Sinisalo, J.-P. Mecklin, K. Matsuda, Y. Nakamura, Y. Okada, S. Gallinger, D. J. Duggan, D. Conti, P. Newcomb, J. Hopper, M. A. Jenkins, F. Schumacher, G. Casey, D. Easton, M. Shah, P. Pharoah, A. Lindblom, T. Liu; Swedish Low-Risk Colorectal Cancer Study Group, C. G. Smith, H. West, J. P. Cheadle; COIN Collaborative Group, R. Midgley, D. J. Kerr, H. Campbell, I. P. Tomlinson, R. S. Houlston, Common variation near CDKN1A, POLD3 and SHROOM2 influences colorectal cancer risk. Nat. Genet. 44, 770–776 (2012).
T. Akbar, S. McGurnaghan, C. N. A. Palmer, S. J. Livingstone, J. Petrie, J. Chalmers, R. S. Lindsay, J. A. McKnight, D. W. M. Pearson, A. W. Patrick, J. Walker, H. C. Looker, H. M. Colhoun, Cohort profile: Scottish diabetes research network Type 1 bioresource study (SDRNT1BIO). Int. J. Epidemiol. 46, 796–796i (2016).
M. Schoenmaker, A. J. M. de Craen, P. H. E. M. de Meijer, M. Beekman, G. J. Blauw, P. E. Slagboom, R. G. J. Westendorp, Evidence of genetic enrichment for exceptional survival using a family approach: The Leiden Longevity Study. Eur. J. Hum. Genet. 14, 79–84 (2006).
W. E. Johnson, C. Li, A. Rabinovic, Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods. Biostatistics 8, 118–127 (2007).
I. Ugrina, L. Klaric, Russell Alyce, F. Vuckovic, glycanr: Tools for Analysing N-Glycan Data (2016); https://cran.r-project.org/web/packages/glycanr/index.html.
Y. Li, C. J. Willer, J. Ding, P. Scheet, G. R. Abecasis, MaCH: Using sequence and genotype data to estimate haplotypes and unobserved genotypes. Genet. Epidemiol. 34, 816–834 (2010).
J. Marchini, B. Howie, S. Myers, G. McVean, P. Donnelly, A new multipoint method for genome-wide association studies by imputation of genotypes. Nat. Genet. 39, 906–913 (2007).
B. Howie, J. Marchini, M. Stephens, Genotype imputation with thousands of genomes. G3 1, 457–470 (2011).
R. Plomp, L. R. Ruhaak, H.-W. Uh, K. R. Reiding, M. Selman, J. J. Houwing-Duistermaat, P. E. Slagboom, M. Beekman, M. Wuhrer, Subclass-specific IgG glycosylation is associated with markers of inflammation and metabolic health. Sci. Rep. 7, 12325 (2017).
G. Vidarsson, G. Dekkers, T. Rispens, IgG subclasses and allotypes: From structure to effector functions. Front. Immunol. 5, 520 (2014).
A. Bondt, Y. Rombouts, M. H. J. Selman, P. J. Hensbergen, K. R. Reiding, J. M. W. Hazes, R. J. E. M. Dolhain, M. Wuhrer, Immunoglobulin G (IgG) Fab glycosylation analysis using a new mass spectrometric high-throughput profiling method reveals pregnancy-associated changes. Mol. Cell. Proteomics 13, 3029–3039 (2014).
International Genetics of Ankylosing Spondylitis Consortium (IGAS), A. Cortes, J. Hadler, J. P. Pointon, P. C. Robinson, T. Karaderi, P. Leo, K. Cremin, K. Pryce, J. Harris, S. Lee, K. B. Joo, S.-C. Shim, M. Weisman, M. Ward, X. Zhou, H.-J. Garchon, G. Chiocchia, J. Nossent, B. A. Lie, Ø. Førre, J. Tuomilehto, K. Laiho, L. Jiang, Y. Liu, X. Wu, L. A. Bradbury, D. Elewaut, R. Burgos-Vargas, S. Stebbings, L. Appleton, C. Farrah, J. Lau, T. J. Kenna, N. Haroon, M. A. Ferreira, J. Yang, J. Mulero, J. L. Fernandez-Sueiro, M. A. Gonzalez-Gay, C. Lopez-Larrea, P. Deloukas, P. Donnelly; Australo-Anglo-American Spondyloarthritis Consortium (TASC); Groupe Française d'Etude Génétique des Spondylarthrites (GFEGS); Nord-Trøndelag Health Study (HUNT); Spondyloarthritis Research Consortium of Canada (SPARCC); Wellcome Trust Case Control Consortium 2 (WTCCC2), P. Bowness, K. Gafney, H. Gaston, D. D. Gladman, P. Rahman, W. P. Maksymowych, H. Xu, J. B. A. Crusius, I. E. van der Horst-Bruinsma, C.-T. Chou, R. Valle-Oñate, C. Romero-Sánchez, I. M. Hansen, F. M. Pimentel-Santos, R. D. Inman, V. Videm, J. Martin, M. Breban, J. D. Reveille, D. M. Evans, T.-H. Kim, B. P. Wordsworth, M. A. Brown, Identification of multiple risk variants for ankylosing spondylitis through high-density genotyping of immune-related loci. Nat. Genet. 45, 730–738 (2013).
M. F. Moffatt, I. G. Gut, F. Demenais, D. P. Strachan, E. Bouzigon, S. Heath, E. von Mutius, M. Farrall, M. Lathrop, W. O. C. M. Cookson; GABRIEL Consortium, A large-scale, consortium-based genomewide association study of asthma. N. Engl. J. Med. 363, 1211–1221 (2010).
J. Z. Liu, S. van Sommeren, H. Huang, S. C. Ng, R. Alberts, A. Takahashi, S. Ripke, J. C. Lee, L. Jostins, T. Shah, S. Abedian, J. H. Cheon, J. Cho, N. E. Daryani, L. Franke, Y. Fuyuno, A. Hart, R. C. Juyal, G. Juyal, W. H. Kim, A. P. Morris, H. Poustchi, W. G. Newman, V. Midha, T. R. Orchard, H. Vahedi, A. Sood, J. J. Y. Sung, R. Malekzadeh, H.-J. Westra, K. Yamazaki, S.-K. Yang; International Multiple Sclerosis Genetics Consortium; International IBD Genetics Consortium, J. C. Barrett, A. Franke, B. Z. Alizadeh, M. Parkes, T. B K, M. J. Daly, M. Kubo, C. A. Anderson, R. K. Weersma, Association analyses identify 38 susceptibility loci for inflammatory bowel disease and highlight shared genetic risk across populations. Nat. Genet. 47, 979–986 (2015).
C. J. Willer, E. M. Schmidt, S. Sengupta, G. M. Peloso, S. Gustafsson, S. Kanoni, A. Ganna, J. Chen, M. L. Buchkovich, S. Mora, J. S. Beckmann, J. L. Bragg-Gresham, H.-Y. Chang, A. Demirkan, H. M. Den Hertog, R. Do, L. A. Donnelly, G. B. Ehret, T. Esko, M. F. Feitosa, T. Ferreira, K. Fischer, P. Fontanillas, R. M. Fraser, D. F. Freitag, D. Gurdasani, K. Heikkilä, E. Hyppönen, A. Isaacs, A. U. Jackson, Å. Johansson, T. Johnson, M. Kaakinen, J. Kettunen, M. E. Kleber, X. Li, J. Luan, L.-P. Lyytikäinen, P. K. E. Magnusson, M. Mangino, E. Mihailov, M. E. Montasser, M. Müller-Nurasyid, I. M. Nolte, J. R. O’Connell, C. D. Palmer, M. Perola, A.-K. Petersen, S. Sanna, R. Saxena, S. K. Service, S. Shah, D. Shungin, C. Sidore, C. Song, R. J. Strawbridge, I. Surakka, T. Tanaka, T. M. Teslovich, G. Thorleifsson, E. G. Van den Herik, B. F. Voight, K. A. Volcik, L. L. Waite, A. Wong, Y. Wu, W. Zhang, D. Absher, G. Asiki, I. Barroso, L. F. Been, J. L. Bolton, L. L. Bonnycastle, P. Brambilla, M. S. Burnett, G. Cesana, M. Dimitriou, A. S. F. Doney, A. Döring, P. Elliott, S. E. Epstein, G. I. Eyjolfsson, B. Gigante, M. O. Goodarzi, H. Grallert, M. L. Gravito, C. J. Groves, G. Hallmans, A.-L. Hartikainen, C. Hayward, D. Hernandez, A. A. Hicks, H. Holm, Y.-J. Hung, T. Illig, M. R. Jones, P. Kaleebu, J. J. P. Kastelein, K.-T. Khaw, E. Kim, N. Klopp, P. Komulainen, M. Kumari, C. Langenberg, T. Lehtimäki, S.-Y. Lin, J. Lindström, R. J. F. Loos, F. Mach, W. L. McArdle, C. Meisinger, B. D. Mitchell, G. Müller, R. Nagaraja, N. Narisu, T. V. M. Nieminen, R. N. Nsubuga, I. Olafsson, K. K. Ong, A. Palotie, T. Papamarkou, C. Pomilla, A. Pouta, D. J. Rader, M. P. Reilly, P. M. Ridker, F. Rivadeneira, I. Rudan, A. Ruokonen, N. Samani, H. Scharnagl, J. Seeley, K. Silander, A. Stančáková, K. Stirrups, A. J. Swift, L. Tiret, A. G. Uitterlinden, L. J. van Pelt, S. Vedantam, N. Wainwright, C. Wijmenga, S. H. Wild, G. Willemsen, T. Wilsgaard, J. F. Wilson, E. H. Young, J. H. Zhao, L. S. Adair, D. Arveiler, T. L. Assimes, S. Bandinelli, F. Bennett, M. Bochud, B. O. Boehm, D. I. Boomsma, I. B. Borecki, S. R. Bornstein, P. Bovet, M. Burnier, H. Campbell, A. Chakravarti, J. C. Chambers, Y.-D. I. Chen, F. S. Collins, R. S. Cooper, J. Danesh, G. Dedoussis, U. de Faire, A. B. Feranil, J. Ferrières, L. Ferrucci, N. B. Freimer, C. Gieger, L. C. Groop, V. Gudnason, U. Gyllensten, A. Hamsten, T. B. Harris, A. Hingorani, J. N. Hirschhorn, A. Hofman, G. K. Hovingh, C. A. Hsiung, S. E. Humphries, S. C. Hunt, K. Hveem, C. Iribarren, M.-R. Järvelin, A. Jula, M. Kähönen, J. Kaprio, A. Kesäniemi, M. Kivimaki, J. S. Kooner, P. J. Koudstaal, R. M. Krauss, D. Kuh, J. Kuusisto, K. O. Kyvik, M. Laakso, T. A. Lakka, L. Lind, C. M. Lindgren, N. G. Martin, W. März, M. I. McCarthy, C. A. McKenzie, P. Meneton, A. Metspalu, L. Moilanen, A. D. Morris, P. B. Munroe, I. Njølstad, N. L. Pedersen, C. Power, P. P. Pramstaller, J. F. Price, B. M. Psaty, T. Quertermous, R. Rauramaa, D. Saleheen, V. Salomaa, D. K. Sanghera, J. Saramies, P. E. H. Schwarz, W. H.-H. Sheu, A. R. Shuldiner, A. Siegbahn, T. D. Spector, K. Stefansson, D. P. Strachan, B. O. Tayo, E. Tremoli, J. Tuomilehto, M. Uusitupa, C. M. van Duijn, P. Vollenweider, L. Wallentin, N. J. Wareham, J. B. Whitfield, B. H. R. Wolffenbuttel, J. M. Ordovas, E. Boerwinkle, C. N. A. Palmer, U. Thorsteinsdottir, D. I. Chasman, J. I. Rotter, P. W. Franks, S. Ripatti, L. A. Cupples, M. S. Sandhu, S. S. Rich, M. Boehnke, P. Deloukas, S. Kathiresan, K. L. Mohlke, E. Ingelsson, G. R. Abecasis; Global Lipids Genetics Consortium, Discovery and refinement of loci associated with lipid levels. Nat. Genet. 45, 1274–1283 (2013).
A. R. Wood, T. Esko, J. Yang, S. Vedantam, T. H. Pers, S. Gustafsson, A. Y. Chu, K. Estrada, J. Luan, Z. Kutalik, N. Amin, M. L. Buchkovich, D. C. Croteau-Chonka, F. R. Day, Y. Duan, T. Fall, R. Fehrmann, T. Ferreira, A. U. Jackson, J. Karjalainen, K. S. Lo, A. E. Locke, R. Mägi, E. Mihailov, E. Porcu, J. C. Randall, A. Scherag, A. A. E. Vinkhuyzen, H.-J. Westra, T. W. Winkler, T. Workalemahu, J. H. Zhao, D. Absher, E. Albrecht, D. Anderson, J. Baron, M. Beekman, A. Demirkan, G. B. Ehret, B. Feenstra, M. F. Feitosa, K. Fischer, R. M. Fraser, A. Goel, J. Gong, A. E. Justice, S. Kanoni, M. E. Kleber, K. Kristiansson, U. Lim, V. Lotay, J. C. Lui, M. Mangino, I. Mateo Leach, C. Medina-Gomez, M. A. Nalls, D. R. Nyholt, C. D. Palmer, D. Pasko, S. Pechlivanis, I. Prokopenko, J. S. Ried, S. Ripke, D. Shungin, A. Stancáková, R. J. Strawbridge, Y. J. Sung, T. Tanaka, A. Teumer, S. Trompet, S. W. van der Laan, J. van Setten, J. V. Van Vliet-Ostaptchouk, Z. Wang, L. Yengo, W. Zhang, U. Afzal, J. Arnlöv, G. M. Arscott, S. Bandinelli, A. Barrett, C. Bellis, A. J. Bennett, C. Berne, M. Blüher, J. L. Bolton, Y. Böttcher, H. A. Boyd, M. Bruinenberg, B. M. Buckley, S. Buyske, I. H. Caspersen, P. S. Chines, R. Clarke, S. Claudi-Boehm, M. Cooper, E. W. Daw, P. A. De Jong, J. Deelen, G. Delgado, J. C. Denny, R. Dhonukshe-Rutten, M. Dimitriou, A. S. F. Doney, M. Dörr, N. Eklund, E. Eury, L. Folkersen, M. E. Garcia, F. Geller, V. Giedraitis, A. S. Go, H. Grallert, T. B. Grammer, J. Gräßler, H. Grönberg, L. C. P. G. M. de Groot, C. J. Groves, J. Haessler, P. Hall, T. Haller, G. Hallmans, A. Hannemann, C. A. Hartman, M. Hassinen, C. Hayward, N. L. Heard-Costa, Q. Helmer, G. Hemani, A. K. Henders, H. L. Hillege, M. A. Hlatky, W. Hoffmann, P. Hoffmann, O. Holmen, J. J. Houwing-Duistermaat, T. Illig, A. Isaacs, A. L. James, J. Jeff, B. Johansen, Å. Johansson, J. Jolley, T. Juliusdottir, J. Junttila, A. N. Kho, L. Kinnunen, N. Klopp, T. Kocher, W. Kratzer, P. Lichtner, L. Lind, J. Lindström, S. Lobbens, M. Lorentzon, Y. Lu, V. Lyssenko, P. K. E. Magnusson, A. Mahajan, M. Maillard, W. L. McArdle, C. A. McKenzie, S. McLachlan, P. J. McLaren, C. Menni, S. Merger, L. Milani, A. Moayyeri, K. L. Monda, M. A. Morken, G. Müller, M. Müller-Nurasyid, A. W. Musk, N. Narisu, M. Nauck, I. M. Nolte, M. M. Nöthen, L. Oozageer, S. Pilz, N. W. Rayner, F. Renstrom, N. R. Robertson, L. M. Rose, R. Roussel, S. Sanna, H. Scharnagl, S. Scholtens, F. R. Schumacher, H. Schunkert, R. A. Scott, J. Sehmi, T. Seufferlein, J. Shi, K. Silventoinen, J. H. Smit, A. V. Smith, J. Smolonska, A. V. Stanton, K. Stirrups, D. J. Stott, H. M. Stringham, J. Sundström, M. A. Swertz, A.-C. Syvänen, B. O. Tayo, G. Thorleifsson, J. P. Tyrer, S. van Dijk, N. M. van Schoor, N. van der Velde, D. van Heemst, F. V. A. van Oort, S. H. Vermeulen, N. Verweij, J. M. Vonk, L. L. Waite, M. Waldenberger, R. Wennauer, L. R. Wilkens, C. Willenborg, T. Wilsgaard, M. K. Wojczynski, A. Wong, A. F. Wright, Q. Zhang, D. Arveiler, S. J. L. Bakker, J. Beilby, R. N. Bergman, S. Bergmann, R. Biffar, J. Blangero, D. I. Boomsma, S. R. Bornstein, P. Bovet, P. Brambilla, M. J. Brown, H. Campbell, M. J. Caulfield, A. Chakravarti, R. Collins, F. S. Collins, D. C. Crawford, L. A. Cupples, J. Danesh, U. de Faire, H. M. den Ruijter, R. Erbel, J. Erdmann, J. G. Eriksson, M. Farrall, E. Ferrannini, J. Ferrières, I. Ford, N. G. Forouhi, T. Forrester, R. T. Gansevoort, P. V. Gejman, C. Gieger, A. Golay, O. Gottesman, V. Gudnason, U. Gyllensten, D. W. Haas, A. S. Hall, T. B. Harris, A. T. Hattersley, A. C. Heath, C. Hengstenberg, A. A. Hicks, L. A. Hindorff, A. D. Hingorani, A. Hofman, G. K. Hovingh, S. E. Humphries, S. C. Hunt, E. Hypponen, K. B. Jacobs, M.-R. Jarvelin, P. Jousilahti, A. M. Jula, J. Kaprio, J. J. P. Kastelein, M. Kayser, F. Kee, S. M. Keinanen-Kiukaanniemi, L. A. Kiemeney, J. S. Kooner, C. Kooperberg, S. Koskinen, P. Kovacs, A. T. Kraja, M. Kumari, J. Kuusisto, T. A. Lakka, C. Langenberg, L. Le Marchand, T. Lehtimäki, S. Lupoli, P. A. F. Madden, S. Männistö, P. Manunta, A. Marette, T. C. Matise, B. McKnight, T. Meitinger, F. L. Moll, G. W. Montgomery, A. D. Morris, A. P. Morris, J. C. Murray, M. Nelis, C. Ohlsson, A. J. Oldehinkel, K. K. Ong, W. H. Ouwehand, G. Pasterkamp, A. Peters, P. P. Pramstaller, J. F. Price, L. Qi, O. T. Raitakari, T. Rankinen, D. C. Rao, T. K. Rice, M. Ritchie, I. Rudan, V. Salomaa, N. J. Samani, J. Saramies, M. A. Sarzynski, P. E. H. Schwarz, S. Sebert, P. Sever, A. R. Shuldiner, J. Sinisalo, V. Steinthorsdottir, R. P. Stolk, J.-C. Tardif, A. Tönjes, A. Tremblay, E. Tremoli, J. Virtamo, M.-C. Vohl; Electronic Medical Records and Genomics (eMERGE) Consortium; MIGen Consortium; PAGE Consortium; LifeLines Cohort Study, P. Amouyel, F. W. Asselbergs, T. L. Assimes, M. Bochud, B. O. Boehm, E. Boerwinkle, E. P. Bottinger, C. Bouchard, S. Cauchi, J. C. Chambers, S. J. Chanock, R. S. Cooper, P. I. W. de Bakker, G. Dedoussis, L. Ferrucci, P. W. Franks, P. Froguel, L. C. Groop, C. A. Haiman, A. Hamsten, M. G. Hayes, J. Hui, D. J. Hunter, K. Hveem, J. W. Jukema, R. C. Kaplan, M. Kivimaki, D. Kuh, M. Laakso, Y. Liu, N. G. Martin, W. März, M. Melbye, S. Moebus, P. B. Munroe, I. Njølstad, B. A. Oostra, C. N. A. Palmer, N. L. Pedersen, M. Perola, L. Pérusse, U. Peters, J. E. Powell, C. Power, T. Quertermous, R. Rauramaa, E. Reinmaa, P. M. Ridker, F. Rivadeneira, J. I. Rotter, T. E. Saaristo, D. Saleheen, D. Schlessinger, P. E. Slagboom, H. Snieder, T. D. Spector, K. Strauch, M. Stumvoll, J. Tuomilehto, M. Uusitupa, P. van der Harst, H. Völzke, M. Walker, N. J. Wareham, H. Watkins, H.-E. Wichmann, J. F. Wilson, P. Zanen, P. Deloukas, I. M. Heid, C. M. Lindgren, K. L. Mohlke, E. K. Speliotes, U. Thorsteinsdottir, I. Barroso, C. S. Fox, K. E. North, D. P. Strachan, J. S. Beckmann, S. I. Berndt, M. Boehnke, I. B. Borecki, M. I. McCarthy, A. Metspalu, K. Stefansson, A. G. Uitterlinden, C. M. van Duijn, L. Franke, C. J. Willer, A. L. Price, G. Lettre, R. J. F. Loos, M. N. Weedon, E. Ingelsson, J. R. O’Connell, G. R. Abecasis, D. I. Chasman, M. E. Goddard, P. M. Visscher, J. N. Hirschhorn, T. M. Frayling, Defining the role of common variation in the genomic and biological architecture of adult human height. Nat. Genet. 46, 1173–1186 (2014).
N. Pankratz, G. W. Beecham, A. L. DeStefano, T. M. Dawson, K. F. Doheny, S. A. Factor, T. H. Hamza, A. Y. Hung, B. T. Hyman, A. J. Ivinson, D. Krainc, J. C. Latourelle, L. N. Clark, K. Marder, E. R. Martin, R. Mayeux, O. A. Ross, C. R. Scherzer, D. K. Simon, C. Tanner, J. M. Vance, Z. K. Wszolek, C. P. Zabetian, R. H. Myers, H. Payami, W. K. Scott, T. Foroud; PD GWAS Consortium, Meta-analysis of Parkinson’s Disease: Identification of a novel locus, RIT2. Ann. Neurol. 71, 370–384 (2012).
H. J. Cordell, Y. Han, G. F. Mells, Y. Li, G. M. Hirschfield, C. S. Greene, G. Xie, B. D. Juran, D. Zhu, D. C. Qian, J. A. B. Floyd, K. I. Morley, D. Prati, A. Lleo, D. Cusi; Canadian-US PBC Consortium; Italian PBC Genetics Study Group; UK-PBC Consortium, M. E. Gershwin, C. A. Anderson, K. N. Lazaridis, P. Invernizzi, M. F. Seldin, R. N. Sandford, C. I. Amos, K. A. Siminovitch, International genome-wide meta-analysis identifies new primary biliary cirrhosis risk loci and targetable pathogenic pathways. Nat. Commun. 6, 8019 (2015).
Y. Okada, D. Wu, G. Trynka, T. Raj, C. Terao, K. Ikari, Y. Kochi, K. Ohmura, A. Suzuki, S. Yoshida, R. R. Graham, A. Manoharan, W. Ortmann, T. Bhangale, J. C. Denny, R. J. Carroll, A. E. Eyler, J. D. Greenberg, J. M. Kremer, D. A. Pappas, L. Jiang, J. Yin, L. Ye, D.-F. Su, J. Yang, G. Xie, E. Keystone, H.-J. Westra, T. Esko, A. Metspalu, X. Zhou, N. Gupta, D. Mirel, E. A. Stahl, D. Diogo, J. Cui, K. Liao, M. H. Guo, K. Myouzen, T. Kawaguchi, M. J. H. Coenen, P. L. C. M. van Riel, M. A. F. J. van de Laar, H.-J. Guchelaar, T. W. J. Huizinga, P. Dieudé, X. Mariette, S. Louis Bridges Jr., A. Zhernakova, R. E. M. Toes, P. P. Tak, C. Miceli-Richard, S.-Y. Bang, H.-S. Lee, J. Martin, M. A. Gonzalez-Gay, L. Rodriguez-Rodriguez, S. Rantapää-Dahlqvist, L. Ärlestig, H. K. Choi, Y. Kamatani, P. Galan, M. Lathrop; RACI consortium; GARNET consortium, S. Eyre, J. Bowes, A. Barton, N. de Vries, L. W. Moreland, L. A. Criswell, E. W. Karlson, A. Taniguchi, R. Yamada, M. Kubo, J. S. Liu, S.-C. Bae, J. Worthington, L. Padyukov, L. Klareskog, P. K. Gregersen, S. Raychaudhuri, B. E. Stranger, P. L. De Jager, L. Franke, P. M. Visscher, M. A. Brown, H. Yamanaka, T. Mimori, A. Takahashi, H. Xu, T. W. Behrens, K. A. Siminovitch, S. Momohara, F. Matsuda, K. Yamamoto, R. M. Plenge, Genetics of rheumatoid arthritis contributes to biology and drug discovery. Nature 506, 376–381 (2014).
P. Kheradpour, M. Kellis, Systematic discovery and characterization of regulatory motifs in ENCODE TF binding experiments. Nucleic Acids Res. 42, 2976–2987 (2014).
A. Mathelier, X. Zhao, A. W. Zhang, F. Parcy, R. Worsley-Hunt, D. J. Arenillas, S. Buchman, C. Chen, A. Chou, H. Ienasescu, J. Lim, C. Shyr, G. Tan, M. Zhou, B. Lenhard, A. Sandelin, W. W. Wasserman, JASPAR 2014: An extensively expanded and updated open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic Acids Res. 42, D142–D147 (2014).
I. V. Kulakovskiy, I. E. Vorontsov, I. S. Yevshin, R. N. Sharipov, A. D. Fedorova, E. I. Rumynskiy, Y. A. Medvedeva, A. Magana-Mora, V. B. Bajic, D. A. Papatsenko, F. A. Kolpakov, V. J. Makeev, HOCOMOCO: Towards a complete collection of transcription factor binding models for human and mouse via large-scale ChIP-Seq analysis. Nucleic Acids Res. 46, D252–D259 (2018).
J.-V. Turatsinze, M. Thomas-Chollier, M. Defrance, J. van Helden, Using RSAT to scan genome sequences for transcription factor binding sites and cis-regulatory modules. Nat. Protoc. 3, 1578–1588 (2008).
D. R. Zerbino, P. Achuthan, W. Akanni, M. R. Amode, D. Barrell, J. Bhai, K. Billis, C. Cummins, A. Gall, C. García Girón, L. Gil, L. Gordon, L. Haggerty, E. Haskell, T. Hourlier, O. G. Izuogu, S. H. Janacek, T. Juettemann, J. K. To, M. R. Laird, I. Lavidas, Z. Liu, J. E. Loveland, T. Maurel, W. McLaren, B. Moore, J. Mudge, D. N. Murphy, V. Newman, M. Nuhn, D. Ogeh, C. K. Ong, A. Parker, M. Patricio, H. S. Riat, H. Schuilenburg, D. Sheppard, H. Sparrow, K. Taylor, A. Thormann, A. Vullo, B. Walts, A. Zadissa, A. Frankish, S. E. Hunt, M. Kostadima, N. Langridge, F. J. Martin, M. Muffato, E. Perry, M. Ruffier, D. M. Staines, S. J. Trevanion, B. L. Aken, F. Cunningham, A. Yates, P. Flicek, Ensembl 2018. Nucleic Acids Res. 46, D754–D761 (2018).
N.-L. Sim, P. Kumar, J. Hu, S. Henikoff, G. Schneider, P. C. Ng, SIFT web server: Predicting effects of amino acid substitutions on proteins. Nucleic Acids Res. 40, W452–W457 (2012).
S. Das, M. Miller, D. H. Broide, (2017); https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/ S006527761730038X, pp. 1–52.
