Download

Full Text

Manuscript-sivan-jacs.pdf

Author preprint (34.17 MB)

Download

• Jaenisch, R.; Bird, A. Nat. Genet. 2003, 33, 245-254, 10.1038/ng1089
• Vogel, C.; Marcotte, E. M. Nat. Rev. Genet. 2012, 13, 227-232, 10.1038/nrg3185
• Barabási, A. L.; Oltvai, Z. N. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 101-113, 10.1038/nrg1272
• Ma'ayan, A.; Jenkins, S. L.; Neves, S.; Hasseldine, A.; Grace, E.; Dubin-Thaler, B.; Eungdamrong, N. J.; Weng, G.; Ram, P. T.; Rice, J. J.; Kershenbaum, A.; Stolovitzky, G. A.; Blitzer, R. D.; Iyengar, R. Science 2005, 309, 1078-1083, 10.1126/science.1108876
• Zhang, Q.; Bhattacharya, S.; Andersen, M. E. Open Biol. 2013, 3, 130031, 10.1098/rsob.130031
• Bhalla, U. S.; Ram, P. T.; Iyengar, R. Science 2002, 297, 1018-1023, 10.1126/science.1068873
• Angeli, D.; Ferrell, J. E., Jr.; Sontag, E. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 1822-1827, 10.1073/pnas.0308265100
• Mangan, S.; Zaslaver, A.; Alon, U. J. Mol. Biol. 2003, 334, 197-204, 10.1016/j.jmb.2003.09.049
• Atkinson, M. R.; Savageau, M. A.; Myers, J. T.; Ninfa, A. J. Cell 2003, 113, 597-607, 10.1016/S0092-8674(03)00346-5
• Yeger-Lotem, E.; Sattath, S.; Kashtan, N.; Itzkovitz, S.; Milo, R.; Pinter, R. Y.; Alon, U.; Margalit, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 5934-5939, 10.1073/pnas.0306752101
• Weber, W.; Fussenegger, M. Chem. Biol. 2009, 16, 287-297, 10.1016/j.chembiol.2009.02.005
• Rao, C. V.; Arkin, A. P. Annu. Rev. Biomed. Eng. 2001, 3, 391-419, 10.1146/annurev.bioeng.3.1.391
• Lehn, J.-M. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 151-160, 10.1039/B616752G
• Rowan, S. J.; Cantrill, S. J.; Cousins, G. R. L.; Sanders, J. K. M.; Stoddart, J. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 898-952, 10.1002/1521-3773(20020315)41:6<898::AID-ANIE898>3.0.CO;2-E
• Corbett, P. T.; Leclaire, J.; Vial, L.; West, K. R.; Wietor, J.-L.; Sanders, J. K. M.; Otto, S. Chem. Rev. 2006, 106, 3652-3711, 10.1021/cr020452p
• Herrmann, A. Chem. Soc. Rev. 2014, 43, 1899-1933, 10.1039/C3CS60336A
• Li, J.; Nowak, P.; Otto, S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 9222-9239, 10.1021/ja402586c
• Belowich, M. E.; Stoddart, J. F. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 2003-2024, 10.1039/c2cs15305j
• Hunt, R. A. R.; Otto, S. Chem. Commun. 2011, 47, 847-855, 10.1039/C0CC03759A
• Hasenknopf, B.; Lehn, J.-M.; Kneisel, B. O.; Baum, G.; Fensha, D. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996, 35, 1838-1840, 10.1002/anie.199618381
• Hasenknopf, B.; Lehn, J.-M.; Boumediene, N.; Dupont-Gervais, A.; Van Dorsselaer, A.; Kneisel, B.; Fenske, D. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 10956-10962, 10.1021/ja971204r
• Northrop, B. H.; Aricó, F.; Tangchiavang, N.; Badjić, J. D.; Stoddart, J. F. Org. Lett. 2006, 8, 3899-3902, 10.1021/ol061262u
• Valade, A.; Urban, D.; Beau, J.-M. ChemBioChem 2006, 7, 1023-1027, 10.1002/cbic.200600022
• Lehn, J.-M. Angew. Chem., Int. Ed. 2015, 54, 3276-3289, 10.1002/anie.201409399
• Ingerman, L. A.; Waters, M. L. J. Org. Chem. 2009, 74, 111-117, 10.1021/jo801783w
• Chaur, M. N.; Collado, D.; Lehn, J.-M. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 248-258, 10.1002/chem.201002308
• Giuseppone, N.; Lehn, J.-M. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 1715-1722, 10.1002/chem.200501038
• Giuseppone, N.; Lehn, J.-M. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4619-4624, 10.1002/anie.200600430
• Ramírez, J.; Stadler, A.-M.; Kyritsakas, N.; Lehn, J.-M. Chem. Commun. 2007, 237-239, 10.1039/B612222A
• Berl, V.; Huc, I.; Lehn, J.-M.; DeCian, A.; Fischer, J. Eur. J. Org. Chem. 1999, 1999, 3089-3094, 10.1002/(SICI)1099-0690(199911)1999:11<3089::AID-EJOC3089>3.0.CO;2-4
• Au-Yeung, H. Y.; Cougnon, F. B. L.; Otto, S.; Pantoş, G. D.; Sanders, J. K. M. Chem. Sci. 2010, 1, 567-574, 10.1039/c0sc00307g
• Holub, J.; Vantomme, G.; Lehn, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 11783-11791, 10.1021/jacs.6b05785
• Vantomme, G.; Jiang, S.; Lehn, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 9509-9518, 10.1021/ja504813r
• Giuseppone, N.; Schmitt, J.-L.; Lehn, J.-M. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4902-4906, 10.1002/anie.200460343
• Kovaříček, P.; Lehn, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 9446-9455, 10.1021/ja302793c
• Men, G.; Lehn, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 2474-2483, 10.1021/jacs.6b13072
• Hafezi, N.; Lehn, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 12861-12868, 10.1021/ja305379c
• Ramström, O.; Lehn, J.-M. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 26-36, 10.1038/nrd704
• Roche, C.; Percec, V. Isr. J. Chem. 2013, 53, 30-44, 10.1002/ijch.201200099
• Sreenivasachary, N.; Lehn, J.-M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 5938-5943, 10.1073/pnas.0501663102
• Wang, S.; Yue, L.; Shpilt, Z.; Cecconello, A.; Kahn, J. S.; Lehn, J.-M.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 9662-9671, 10.1021/jacs.7b04531
• Yue, L.; Wang, S.; Cecconello, A.; Lehn, J.-M.; Willner, I. ACS Nano 2017, 11, 12027-12036, 10.1021/acsnano.7b04557
• Soloveichik, D.; Seelig, G.; Winfree, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 5393-5398, 10.1073/pnas.0909380107
• Zhang, D. Y.; Turberfield, A. J.; Yurke, B.; Winfree, E. Science 2007, 318, 1121-1125, 10.1126/science.1148532
• Zhang, D. Y.; Seelig, G. Nat. Chem. 2011, 3, 103-113, 10.1038/nchem.957
• Wang, F.; Liu, X.; Willner, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2015, 54, 1098-1129, 10.1002/anie.201404652
• Lu, C.-H.; Qi, X.-J.; Orbach, R.; Yang, H. H.; Mironi-Harpaz, I.; Seliktar, D.; Willner, I. Nano Lett. 2013, 13, 1298-1302, 10.1021/nl400078g
• Aleman-Garcia, M. A.; Orbach, R.; Willner, I. Chem.-Eur. J. 2014, 20, 5619-5624, 10.1002/chem.201304702
• Miyake, Y.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Yamaguchi, H.; Oda, S.; Kudo, M.; Tanaka, Y.; Kondo, Y.; Sawa, R.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Ono, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2172-2173, 10.1021/ja056354d
• Ono, A.; Cao, S.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Oda, S.; Miyake, Y.; Okamoto, I.; Tanaka, Y. Chem. Commun. 2008, 4825-4827, 10.1039/b808686a
• Freeman, R.; Finder, T.; Willner, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 7818-7821, 10.1002/anie.200902395
• Park, K. S.; Jung, C.; Park, H. G. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 9757-9760, 10.1002/anie.201004406
• Leitner, D.; Schröder, W.; Weisz, K. Biochemistry 2000, 39, 5886-5892, 10.1021/bi992630n
• Chen, Y.; Lee, S.-H.; Mao, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 5335-5338, 10.1002/anie.200460789
• Hu, Y.; Cecconello, A.; Idili, A.; Ricci, F.; Willner, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2017, 56, 15210-15233, 10.1002/anie.201701868
• Gehring, K.; Leroy, J.-L.; Guéron, M. Nature 1993, 363, 561-565, 10.1038/363561a0
• Chen, L.; Cai, L.; Zhang, X.; Rich, A. Biochemistry 1994, 33, 13540-13546, 10.1021/bi00250a005
• Asanuma, H.; Ito, T.; Yoshida, T.; Liang, X.; Komiyama, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 2393-2395, 10.1002/(SICI)1521-3773(19990816)38:16<2393::AID-ANIE2393>3.0.CO;2-7
• Asanuma, H.; Liang, X.; Yoshida, T.; Komiyama, M. ChemBioChem 2001, 2, 39-44, 10.1002/1439-7633(20010105)2:1<39::AID-CBIC39>3.0.CO;2-E
• Kamiya, Y.; Asanuma, H. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 1663-1672, 10.1021/ar400308f
• Meng, F.-N.; Li, Z.-Y.; Ying, Y.-L.; Liu, S.-C.; Zhang, J.; Long, Y.-T. Chem. Commun. 2017, 53, 9462-9465, 10.1039/C7CC04599A
• Osborne, S. E.; Matsumura, I.; Ellington, A. D. Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 5-9, 10.1016/S1367-5931(97)80102-0
• Famulok, M.; Mayer, G. Acc. Chem. Res. 2011, 44, 1349-1358, 10.1021/ar2000293
• Joyce, G. F. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 791-836, 10.1146/annurev.biochem.73.011303.073717
• Famulok, M.; Hartig, J. S.; Mayer, G. Chem. Rev. 2007, 107, 3715-3743, 10.1021/cr0306743
• Willner, I.; Shlyahovsky, B.; Zayats, M.; Willner, B. Chem. Soc. Rev. 2008, 37, 1153-1165, 10.1039/b718428j
• Vallée-Bélisle, A.; Ricci, F.; Plaxco, K. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 13802-13807, 10.1073/pnas.0904005106
• Ricci, F.; Vallée-Bélisle, A.; Porchetta, A.; Plaxco, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 15177-15180, 10.1021/ja304672h
• Simon, A. J.; Vallée-Bélisle, A.; Ricci, F.; Watkins, H. M.; Plaxco, K. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 9471-9475, 10.1002/anie.201403777
• Ricci, F.; Vallée-Bélisle, A.; Simon, A. J.; Porchetta, A.; Plaxco, K. W. Acc. Chem. Res. 2016, 49, 1884-1892, 10.1021/acs.accounts.6b00276