Rapport du Centre National de Référence Mycoses Liège 2014

Au cours de l’année 2014, tous les aspects des missions attribuées au CNR ont été couverts, comme l’identification d’isolats de levures et champignons filamenteux, l’aide au diagnostic de mycoses rares, la détermination de la sensibilité aux antifongiques et l’amélioration de techniques de typage et d’identification moléculaire. Le CNR de Liège se focalise principalement sur l’identification des mycoses superficielles isolées de phanères.
Parmi les techniques d’identification des levures, l’identification par spectrométrie de masse est l’outil n°1 qui est utilisé. Les résultats sont confirmés par séquençage moléculaire si nécessaire.
Parmi les outils moléculaires, une approche polyphasique est utilisée. La région ciblée en premier lieu dans le cas de l’identification d’une espèce est tout ou partie de la région ITS1-5,8S-ITS2 de l’ARN ribosomique (ARNr). Deux cibles complémentaires sont disponibles à savoir la région D1-D2 de la partie LSU (28S) de l’ARNr et la bêta-tubuline. Ces autres cibles sont utilisées en cas de confirmation de l’identification d’une espèce rare ou en cas de réponse non satisfaisante après une première amplification. D’autres cibles sont actuellement à l’étude.
Le CNR Mycose a acquis en 2014 l’appareil Diversilab® (BioMérieux). Cet appareil permet une caractérisation précise du génome des champignons filamenteux (y compris les dermatophytes) et des levures. Il a été déjà utilisé afin de caractériser les souches de dermatophytes anthropophile circulant en Belgique en 2013. Il pourrait être utilisé en cas d’épidémie notamment afin de caractériser rapidement le génome de la souche circulante.