R. L. M. van Montfort P. Workman Trends Biotechnol. 2009 27 315 328
R. Galindo-Murillo L. Ruiz-Azuara R. Moreno-Esparza F. Cortes-Guzman Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 15539 15546
S. N. Syed H. Schulze D. Macdonald J. Crain A. R. Mount T. T. Bachmann J. Am. Chem. Soc. 2013 135 5399 5407
A. A. Greschner K. E. Bujold H. F. Sleiman J. Am. Chem. Soc. 2013 135 11283 11288
G. Brancolini A. Migliore S. Corni M. Fuentes-Cabrera F. J. Luque R. Di Felice ACS Nano 2013 7 9396 9406
L. Zidek M. V. Novotny M. J. Stone Nat. Struct. Mol. Biol. 1999 6 1118 1121
C. E. Bostock-Smith S. A. Harris C. A. Laughton M. S. Searle Nucleic Acids Res. 2001 29 693 702
S. K. Sinha S. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2011 135 245104
A. Mukherjee J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 3021 3026
M. Kolář T. s. Kubař P. Hobza J. Phys. Chem. B 2010 114 13446 13454
J. Dolenc R. Baron C. Oostenbrink J. Koller W. F. van Gunsteren Biophys. J. 2006 91 1460 1470
S. A. Harris C. A. Laughton J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 076103
R. Rohs I. Bloch H. Sklenar Z. Shakked Nucleic Acids Res. 2005 33 7048 7057
G. Schneider Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 273 276
H. Ma C. Wan A. Wu A. H. Zewail Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 712 716
A. Pérez F. Lankas F. J. Luque M. Orozco Nucleic Acids Res. 2008 36 2379 2394
A. Pérez F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14739 14745
M. F. Hagan A. R. Dinner D. Chandler A. K. Chakraborty Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13922 13927
A. Pérez J. R. Blas M. Rueda J. M. López-Bes X. de la Cruz M. Orozco J. Chem. Theory Comput. 2005 1 790 800
A. Matsumoto N. Go J. Chem. Phys. 1999 110 11070 11075
W. K. Olson A. A. Gorin X.-J. Lu L. M. Hock V. B. Zhurkin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 11163 11168
J. R. Bothe K. Lowenhaupt H. M. Al-Hashimi J. Am. Chem. Soc. 2011 133 2016 2018
F. LankaŠ J. Šponer J. Langowski T. E. Cheatham III Biophys. J. 2003 85 2872 2883
S. A. Harris E. Gavathiotis M. S. Searle M. Orozco C. A. Laughton J. Am. Chem. Soc. 2001 123 12658 12663
J. B. Chaires Biopolymers 1997 44 201 215
W. Treesuwan K. Wittayanarakul N. G. Anthony G. Huchet H. Alniss S. Hannongbua A. I. Khalaf C. J. Suckling J. A. Parkinson S. P. Mackay Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10682 10693
V. V. Kostjukov A. A. H. Santiago F. R. Rodriguez S. R. Castilla J. A. Parkinson M. P. Evstigneev Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 5588 5600
A. Rescifina C. Zagni M. G. Varrica V. Pistarà A. Corsaro Eur. J. Med. Chem. 2014 74 95 115
T. Kubař M. Hanus F. Ryjáček P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 280 290
L. Strekowski B. Wilson Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2007 623 3 13
I. Haq Arch. Biochem. Biophys. 2002 403 1 15
I. Haq J. E. Ladbury B. Z. Chowdhry T. C. Jenkins J. B. Chaires J. Mol. Biol. 1997 271 244 257
A. L. Drobyshev A. S. Zasedatelev G. M. Yershov A. D. Mirzabekov Nucleic Acids Res. 1999 27 4100 4105
S. Hayward and B. Groot, in Molecular Modeling of Proteins, ed., A. Kukol, Humana Press, 2008, vol. 443, pp. 89-106
A. Amadei A. B. M. Linssen H. J. C. Berendsen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1993 17 412 425
G. L. Olsen E. A. Louie G. P. Drobny S. T. Sigurdsson Nucleic Acids Res. 2003 31 5084 5089
M. Trieb C. Rauch F. R. Wibowo B. Wellenzohn K. R. Liedl Nucleic Acids Res. 2004 32 4696 4703
P. A. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang O. Donini P. Cieplak J. Srinivasan D. A. Case T. E. Cheatham Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
T. Konakahara H. Komatsu N. Sakai B. Gold J. Comput. Chem., Jpn. 2007 6 27 32
S. C. Jain C.-c. Tsai H. M. Sobell J. Mol. Biol. 1977 114 317 331
R. R. Monaco J. Nucleic Acids 2010 2010 4
K. M. Langner P. Kedzierski W. A. Sokalski J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2006 110 9720 9727
K. M. Langner T. Janowski R. W. Góra P. Dziekoński W. A. Sokalski P. Pulay J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2600 2609
J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 5291 5303
D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
A. Pérez I. Marchán D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham III C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
K. E. Furse B. A. Lindquist S. A. Corcelli J. Phys. Chem. B 2008 112 3231 3239
T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952 962
V. Tsui D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2489 2498
B. R. Miller T. D. McGee J. M. Swails N. Homeyer H. Gohlke A. E. Roitberg J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3314 3321
B. Jayaram D. Sprous D. L. Beveridge J. Phys. Chem. B 1998 102 9571 9576
J. Carlsson J. Aqvist Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5385 5395
S. A. Harris Z. A. Sands C. A. Laughton Biophys. J. 2005 88 1684 1691
I. Andricioaei M. Karplus J. Chem. Phys. 2001 115 6289 6292
A. L. Tournier J. C. Smith Phys. Rev. Lett. 2003 91 208106
G. G. Maisuradze A. Liwo H. A. Scheraga J. Mol. Biol. 2009 385 312 329
A. Kitao S. Hayward N. Go Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1998 33 496 517
A. Amadei M. A. Ceruso A. Di Nola Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1999 36 419 424
T. Meyer C. Ferrer-Costa A. Pérez M. Rueda A. Bidon-Chanal F. J. Luque C. A. Laughton M. Orozco J. Chem. Theory Comput. 2006 2 251 258
R. E. Dickerson M. Bansal C. R. Calladine S. Diekmann W. N. Hunter O. Kennard E. von Kitzing R. Lavery H. C. M. Nelson W. K. Olson W. Saenger Z. Shakked H. Sklenar D. M. Soumpasis C. S. Tung A. H. J. Wang V. B. Zhurkin EMBO J. 1989 8 1 4
X. J. Lu W. K. Olson Nucleic Acids Res. 2003 31 5108 5121
D. L. Beveridge S. B. Dixit G. Barreiro K. M. Thayer Biopolymers 2004 73 380 403
H. Wang C. A. Laughton Methods 2007 42 196 203
J. M. J. Swanson R. H. Henchman J. A. McCammon Biophys. J. 2004 86 67 74
C. Laughton B. Luisi J. Mol. Biol. 1999 288 953 963
A. Matsumoto W. K. Olson Biophys. J. 2002 83 22 41
M. A. Balsera W. Wriggers Y. Oono K. Schulten J. Phys. Chem. 1996 100 2567 2572
O. F. Lange H. Grubmüller J. Phys. Chem. B 2006 110 22842 22852
A. Mukherjee R. Lavery B. Bagchi J. T. Hynes J. Am. Chem. Soc. 2008 130 9747 9755
M. Wilhelm A. Mukherjee B. Bouvier K. Zakrzewska J. T. Hynes R. Lavery J. Am. Chem. Soc. 2012 134 8588 8596
W. D. Sasikala A. Mukherjee Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 6446 6455
W. D. Sasikala A. Mukherjee J. Phys. Chem. B 2012 116 12208 12212
N. C. Garbett N. B. Hammond D. E. Graves Biophys. J. 2004 87 3974 3981
