Détection de l’excrétion fécale de Salmonella par PCR en comparaison avec la culture chez des chevaux à risque hospitalisés dans un hôpital équin en Belgique dans le cadre d’un programme de surveillance de biosécurité

L’objectif de cette étude était de rapporter l’incidence de l’excrétion fécale de Salmonella spp. chez des chevaux à risque, hospitalisés dans une clinique équine européenne, et de comparer les résultats de la qPCR avec ceux obtenus en culture chez certains de ces chevaux.
Sur 287 chevaux hospitalisés sur 2 ans et présentant des signes cliniques suggestifs de salmonellose ou ayant été en contact indirect avec des cas équins de salmonellose, 1 à 5 prélèvements de matières fécales (MF) ont été soumis à un test PCR ciblant le gène Stn. En cas de plusieurs cas cliniques simultanés, les MF ont de plus été soumises à une culture, ce qui a permis d’identifier le sérovar impliqué, ou le sérotypage a été réalisé sur ces cas par séquençage du génome.
Un total de 112/398 (soit 28.4 %) prélèvements étaient positifs par qPCR, et concernaient 84 sur les 287 cas cliniques testés. Parmi les 32 prélèvements positifs en qPCR qui ont été soumis à la culture, le résultat était significativement (P= 0,01) influencé par l'utilisation ou non d’antibiotiques large spectre : aucun des 20 échantillons issus de chevaux sous antibiotique n'a été positif alors que 4 sur les 12 échantillons issus de chevaux qui n’étaient pas sous antibiotiques ont été positifs. Les sérotypes identifiés (S. Enteritidis, S. Typhimurium, S. Coeln et S. Lome) étaient spécifiques des séries de cas simultanés.
Cette étude rapporte une excrétion de Salmonella spp. chez des chevaux à risque hospitalisés en Europe qualitativement et quantitativement comparable à ce qui a été décrit en Amérique du nord. Même s’ils sont limités par le faible nombre d’échantillons positifs en PCR soumis à la culture et par le faible taux de ces prélèvements positifs en culture, nos résultats suggèrent que l’interprétation des résultats en culture devrait tenir compte du fait que le cheval est ou non sous antibiotiques, et renforce l’intérêt de la qPCR pour le diagnostic de la salmonellose sur des cas hospitalisés.