Identification et analyse fonctionnelle des variants alléliques et d’épissage du CD46 des bovidés, le (co)-récepteur du virus BVD/MD

Le virus de la diarrhée virale bovine (BVDV) utilise la glycoprotéine membranaire CD46 comme (co)récepteur. Lorsque les travaux de cette thèse ont débuté, la plateforme d’attachement du virus au CD46 venait d’être identifiée ; il s’agit d’un motif bipartite composé du tétrapeptide 66EQUIV69 et de l’hexapeptide 82GQVLAL87, situés l’un et l’autre sur deux feuillets &#61538; antiparallèles du module CCP1 distal du CD46. Au cours de ma thèse, j’ai révélé l’existence de dix versions alléliques distinctes de cette plateforme d’attachement, dont les fréquences sont très différentes entre races taurines et indicines. De plus, j’ai démontré l’existence d’un patron d’épissage complexe du pré-ARNm qui encode le CD46 bovin, lequel génère des isoformes distinctes qui diffèrent au niveau de la longueur du segment glycosylable dit « STP » (trois versions) et/ou au niveau de la longueur et de la nature de la queue cytoplasmique (cinq versions). Les quatre variants alléliques les plus fréquents et les six variants d’épissage ont été exprimés dans des cellules non permissives au BVDV et la quantité de virions progéniture générée par chacune des préparations cellulaires a été mesurée après une infection standardisée. Comme attendu, l’expression des dix CD46 ectopiques a rendu les cellules permissives au virus, comme l’atteste l’augmentation d’un facteur 100 000 de la production de virions par rapport aux cellules non transfectées. Cette augmentation de permissivité était significativement moindre (-33%, p < 0.001) lorsque le module CCP1 canonique était remplacé par le variant le plus fréquent chez les zébus, ce qui suggère une sélection positive ou négative de cet allèle respectivement dans les races indicines ou taurines. Une prédiction de la structure secondaire de ce variant suggère que la perte de fonction mesurée est la conséquence de la disparition d’un des deux feuillets &#61538; constitutifs de la plateforme d’attachement du virus. D’autre part, pour un module CCP1 donné, il est apparu que le titre viral mesuré 48 heures après infection dépendait aussi de la nature de la queue cytoplasmique du CD46 (p < 0.001). Ce résultat implique que l’attachement du BVDV au CD46 génère un signal entrant dont la nature dépend de la queue cytoplasmique et qui modifie la permissivité de la cellule au virus via un mécanisme encore à découvrir.