  | Van Beneden, É., & de Selys-Longchamps, M. (1940). Tuniciers (2ème partie) : embryogénèse. Anvers, Belgium: J.-E. Buschmann. |
 | Van Beneden, É., & Cerfontaine, P. (Other coll.). (1923). Travaux posthumes d’Édouard Van Beneden sur les Cérianthaires : volume hors-série. Archives de Biologie, 1-242. |
 | Van Beneden, É., & de Selys-Longchamps, M. (1913). Tuniciers : Caducichordata (Ascidiacés et Thaliacés). Anvers, Belgium: J.-E. Buschmann. |
 | Van Beneden, É., & Brachet, A. (Other coll.). (1912). Recherche sur l’embryologie des mammifères. II. De la ligne primitive, du prolongement céphalique, de la notochorde et du mésoblaste chez le lapin et chez le murin. Archives de Biologie, 27, 191-401. |
 | Van Beneden, É. (1911). Recherche sur l’embryologie des mammifères. De la segmentation, de la formation de la cavité blastodermique et de l’embryon didermique chez le Murin. Archives de Biologie, 26, 1-63. |
 | Van Beneden, É. (1902). La reproduction des animaux et la continuité de la vie. Bulletin de la Classe des Sciences. Académie Royale de Belgique, 1047-1089. |
Van Beneden, É. (1901). Sur les corps jaunes du Rhinolophe et la présence constante d’un ovaire unique chez le Grand Fer-à-Cheval. Comptes Rendus de l'Association des Anatomistes. |
 | Van Beneden, É. (1897). Sur deux points de l’histoire des globules polaires. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 34, 21-24. |
 | Van Beneden, É. (1897). Les Anthozoaires de la « Plankton-Expedition » : avec 16 planches, une carte et 59 figures dans le texte. Kiel - Liepzig, Germany: Lipsius & Tischer. |
 | Van Beneden, É. (1895). Un Court-vite : Cursorius isabellinus Meyer, tiré en Belgique. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 29, 346-352. |
 | Van Beneden, É. (1895). Le Phreoryctes menkeanus dans les provinces de Liège et de Limbourg. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 29, 341-346. |
 | Van Beneden, É. (1891). Recherches sur le développement des Arachnactis. Contribution à la morphologie des Cérianthides. Archives de Biologie, 11, 115-146. |
 | Van Beneden, É. (31 March 1890). Seconde réponse à Monsieur Guignard au sujet de la division longitudinale des anses chromatiques. Zoologischer Anzeiger, 13 (331), 157-163. |
 | Van Beneden, É. (1890). Les Anthozoaires pélagiques recueillis par le professeur Hensen, dans son expédition du Plankton. – Communication préliminaire. – I. Une larve voisine de la larve de Semper. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 20, 55-99. |
 | Van Beneden, É. (1889). Monsieur Guignard et la découverte de la division longitudinale des anses chromatiques. Archives de Biologie, 9, 485-495. |
 | Van Beneden, É. (1888). Herr Ed. van Beneden stellt eine Reihe von Präparaten bezüglich auf die Kopulation der Geschlechtsprodukte, die Reifung des Eies, den Befruchtungsvorgang und die Mitose bei Ascaris megalocephala vor. Anatomischer Anzeiger, 3, 707-714. |
 | Van Beneden, É. (1888). De la formation et de la constitution du placenta chez le Murin (Vespertilio murinus). Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 15, 351-364. |
 | Van Beneden, É. (1888). De la fixation du blastocyste à la muqueuse utérine chez le Murin (Vespertilio murinus). Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 15 (1), 17-27. |
 | Van Beneden, É. (1888). Sur la fécondation chez l’Ascaride mégalocéphale. (Rectification.). Anatomischer Anzeiger, 3, 104. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1887). Recherches sur la morphologie des Tuniciers. Archives de Biologie, 6, 237-476. |
 | Van Beneden, É., & Neyt, A. (Other coll.). (1887). Nouvelles recherches sur la fécondation et la division mitosique chez l’ascaride mégalocéphale. Leipzig, Germany: W. Engelmann. |
 | Van Beneden, É. (1886). Sur la présence en Belgique du Bothriocephalus latus, Bremser. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 12, 265-280. |
Van Beneden, É. (1886). Sur le canal notochordal et la gastrulation des Mammifères. In A. Guttstadt (Ed.), Tageblatt der 59. Versammlung Deutscher Naturforscher und Aerzte zu Berlin, vom 18. - 24. September, 1886. Berlin, Germany: Schumacher. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1884). La spermatogénèse chez l’Ascaride mégalocéphale. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 7, 312-342. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1884). Le système nerveux central des Ascidies adultes et ses rapports avec celui des larves urodèles. Archives de Biologie, 5, 317-367. |
 | Van Beneden, É. (1884). Sur la présence à Liège du Niphargus puteanus, Sch. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 8 (7), 650-652. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1884). Recherches sur le développement postembryonnaire d’une Phallusie (Phallusia scabroïdes nov. Sp.). Archives de Biologie, 5, 611-638. |
 | Van Beneden, É. (1884). Recherches sur la maturation de l’œuf et la fécondation : Ascaris megalocephala. Archives de Biologie, 4, 265-640. |
 | Van Beneden, É. (1884). Sur quelques animaux nouveaux pour la faune littorale belge, formant une faune locale toute particulière au voisinage du Banc de Thornton. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 8 (7), 646-650. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1884). Les orifices branchiaux externes des Ascidiens et la formation du cloaque chez Phallusia scabroïdes, nov. Sp. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 8 (7), 631-646. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1884). La segmentation chez les Ascidiens et ses rapports avec l’organisation de la larve. Archives de Biologie, 5, 111-126. |
 | Van Beneden, É. (1883). La biologie et l’histoire naturelle. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 6, 896-932. |
 | Van Beneden, E. (1883). Recherches sur la maturation de l'oeuf, la fécondation, et la division cellulaire. Gand, Belgium: Clemm. |
 | Van Beneden, É. (1883). L’appareil sexuel femelle de l’Ascaride mégalocéphale. Archives de Biologie, 4, 95-142. |
 | Van Beneden, É. (1883). Compte rendu sommaire des recherches entreprises à la station biologique d’Ostende pendant les mois d’été 1883. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 7, 458-483. |
 | Van Beneden, É. (1883). Additions à la faune ichthyologique des côtes de Belgique. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 5, 404-420. |
Van Beneden, É. (1882). Recherches sur les Annélides recueillies par M. le professeur Edouard Van Beneden pendant son voyage au Brésil et à la Plata. Bruxelles, Belgium: F. Hayez. |
 | Van Beneden, É. (1882). Recherches sur l’oreille moyenne des Crocodiliens et ses communications multiples avec le pharynx. Archives de Biologie, 3, 497-560. |
 | Van Beneden, É. (1882). Contribution à l’histoire des Dicyémides. Archives de Biologie, 3, 195-228. |
 | Van Beneden, É. (29 August 1881). Sur l’appareil urinaire et les espaces sanguino-lymphatiques des Platodes. Zoologischer Anzeiger, 4 (91), 455-459. |
 | Van Beneden, É. (25 July 1881). Existe-t-il un Coelome chez les Ascidies ? Zoologischer Anzeiger, 4 (88), 375-378. |
 | Van Beneden, É. (1881). Sur quelques points relatifs à l’organisation et au développement des Ascidies. Comptes Rendus Hebdomadaires des Séances de l'Académie des Sciences, XCII, 1238-1241. |
 | Van Beneden, É. (1881). Recherches sur le développement embryonnaire de quelques ténias. Archives de Biologie, 2, 183-210. |
 | Van Beneden, É. (09 February 1880). De l’existence d’un appareil vasculaire à sang rouge dans quelques Crustacés. Zoologischer Anzeiger, 3 (48), 55-60. |
 | Van Beneden, É. (26 January 1880). De l’existence d’un appareil vasculaire à sang rouge dans quelques Crustacés. Zoologischer Anzeiger, 3 (47), 35-39. |
 | Van Beneden, É., & Julin, C. (1880). Recherches sur la structure de l’ovaire, l’ovulation, la fécondation et les premières phases du développement chez les Cheiroptères (communication préliminaire). Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 49, 628-655. |
 | Van Beneden, É. (1880). Observations sur la maturation, la fécondation et la segmentation de l’œuf chez les cheiroptères. Archives de Biologie, 1, 551-571. |
 | Van Beneden, É. (1880). Contribution à la connaissance des mammifères : l’ovaire du Vespertilo murinus et du Rhinolophus ferrum-equinum. Archives de Biologie, 1, 475-550. |
 | Van Beneden, É. (1880). Note sur un Cténide originaire du Brésil trouvé à Liège. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 49, 655-659. |
 | Van Beneden, É. (1880). Recherches sur l’embryologie des mammifères : la formation des feuillets chez le lapin. Archives de Biologie, 1, 137-224. |
 | Van Beneden, É. (1880). Relation d’un cas de tuberculose cestodique suivie de quelques observations sur les œufs du Taenia mediocanellata. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 49, 659-669. |
 | Van Beneden, É. (1878). A contribution to the history of the embryonic development of the Teleosteans. Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (18), 41-57. |
 | Van Beneden, É. (1877). Contribution à l’histoire du développement embryonnaire des Téléostéens. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 44 (7), 742-770. |
 | Van Beneden, É. (1876). Contributions to the history of the germinal vesicle, and of the first embryonic nucleus. Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (16), 153-182. |
 | Van Beneden, É. (1876). Recherches sur les Dicyémides, survivants actuels d’un embranchement des Mésozoaires. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 41 (1), 1160-1205. |
 | Van Beneden, É. (1876). Mémoire sur un dauphin nouveau de la baie de Rio de Janero, désigné sous le nom de Sotalia brasiliensis. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 41 (4), 1-44. |
 | Van Beneden, É. (1876). Contributions à l’histoire de la vésicule germinative et du premier noyau embryonnaire. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 41 (3), 38-85. |
 | Van Beneden, É. (1875). La maturation de l’œuf, la fécondation, et les premières phases du développement embryonnaire des mammifères d’après des recherches faites chez le lapin. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 40 (7), 686-736. |
 | Van Beneden, É. (1874). Sur la capture dans l’Escaut, au mois de novembre 1873, d’un Hyperoodon rostratum. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 37 (1), 35. |
 | Van Beneden, É. (1874). De la distinction originelle du testicule et de l’ovaire ; caractère sexuel des deux feuillets primordiaux de l’embryon ; hermaphrodisme morphologique de toute individualité animale ; essai d’une théorie de la fécondation. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 37 (1), 530-595. |
 | Van Beneden, É. (1872). Note sur la structure des Grégarines. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 33 (1), 210-223. |
 | Van Beneden, É. (1872). Remarks on the structure of the Gregarinae. Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (12), 211-218. |
Van Beneden, É. (1871). De la place que les Limules doivent occuper dans la classification des Arthropodes d’après leur développement embryonnaire. Bulletin de la Société Royale Belge d'Entomologie. |
Van Beneden, É. (1871). Deux procédés pour durcir et conserver les animaux mous. Bulletin de la Société Royale Belge d'Entomologie. |
 | Van Beneden, É. (1871). Researches on the development of the Gregarinae. Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (11), 242-260. |
Van Beneden, É. (1871). Recherches sur le développement des Limulides. Bulletin de la Société Royale Belge d'Entomologie, XV. |
 | Van Beneden, É. (1871). Recherches sur l’évolution des Grégarines. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 31, 325-359. |
 | Van Beneden, É. (1871). Note sur la conservation des animaux inférieurs. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 32, 179-181. |
 | Van Beneden, É. (1870). Réponse à quelques-unes des observations de M. Balbiani sur l’œuf des Sacculines. Comptes Rendus Hebdomadaires des Séances de l'Académie des Sciences, LXX (5), 197-200. |
 | Van Beneden, É. (1870). On the embryonic form of Nematobothrium filarina. Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (10), 136-143. |
 | Van Beneden, É. (1870). Étude zoologique et anatomique du genre Macrostomum et description de deux espèces nouvelles. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 30 (7), 116-133. |
 | Van Beneden, É. (1870). Researches on the composition and the significance of the egg, based on the study of its mode of formation, and of the first embryonic phenomena – (mammifers, birds, crustacea, worms). Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (10), 406-413. |
 | Van Beneden, E. (1870). Recherches sur la composition et la signification de l'oeuf: basées sur l’étude de son mode de formation, et des premiers phénomènes embryonnaires (mammifères, oiseaux, crustacés, vers). Bruxelles, Belgium: F. Hayez. |
 | Van Beneden, É. (1870). On a new species of Gregarina to be called Gregarina gigentea. Quarterly Journal of Microscopical Science, 2 (10), 51-59. |
 | Van Beneden, É. (1869). Sur une nouvelle espèce de Grégarine désignée sous le nom de Gregarina gigantea. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 28 (7), 444-456. |
 | Van Beneden, É. (1869). Sur le mode de formation de l’œuf et le développement embryonnaire des Sacculines. Comptes Rendus Hebdomadaires des Séances de l'Académie des Sciences, LXIX (22), 1146-1151. |
 | Van Beneden, É., & Bessels, É. (1868). Résumé d’un mémoire sur le mode de formation du blastoderme dans quelques groupes de crustacés. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 25 (1), 434-448. |
 | Van Beneden, É. (1868). Rapport sommaire sur les résultats d’un voyage au Brésil et à la Plata. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 35 (1), 775-792. |
 | Van Beneden, É. (1868). Le genre Dactycotyle, son organisation, et quelques remarques sur la formation de l’œuf des Trématodes. Bulletins de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, 25 (1), 22-37. |
 | Van Beneden, É., & Bessels, É. (1868). Mémoire sur la formation du blastoderme chez les amphipodes, les lernéens et les copépodes. Mémoires Couronnés par l'Académie Royale des Sciences et Belles-Lettres de Bruxelles. Collection in 4, 34, 1-59. |