Etude du rôle potentiel des NAT (Natural Antisens Transcripts) et de leur régulation sur l'expression de leurs gènes sens correspondants dans les cancers du sein ER+

Les cancers du sein sont très hétérogènes et leur classification actuelle n’est pas suffisamment prédictive de leur évolution clinique. Les cancers hormono-sensibles expriment les récepteurs aux oestrogènes et/ou à la progestérone. Ils représentent environ 75% des cancers du sein et répondent généralement au traitement ciblé par SERMs ; Cependant, beaucoup d’entre eux rechutent tout de même. Nous nous intéresserons uniquement à ce sous-groupe clinique pour la réalisation de ce projet. Ces tumeurs constituent un groupe hétérogène et de nouvelles cibles thérapeutiques sont activement recherchées pour ces patientes.Grâce à l'évolution de la technologie de séquençage d'ARN et plus précisément avec l'arrivée des méthodes « strand specific», il est possible de connaître l'orientation du transcrit. Cette information qui s'avère primordiale n'est disponible que depuis peu. En effet, la détection des NATs dépend de cette nouvelle donnée. Ces ARN non codants semblent jouer un rôle important dans la régulation des voies de signalisations liées au cancer, dont le cancer du sein. Ainsi, ce projet s’intéresse particulièrement aux longs ARN non codants en termes de marqueurs pronostiques ou prédictifs dans le cancer du sein. Au cours de cette étude, nousavons réalisé un RNA-Sequencing strand-specific sur 22 tumeurs de cancer du sein exprimant les récepteurs aux oestrogènes ainsi que sur leur tissu sain associé. Nous avons mis en évidence le rôle potentiel des NATs dans la régulation génique et leur relation avec leur gène sens dans le cadre du cancer du sein. Dans cette optique, trois listes de gènes ont été déterminées en se basant sur les analyses suivantes: analyse d'expression différentielle des NATs entre les tumeurs et les tissus sains, analyse différentielle de corrélation des pairesNAT/PC entre les tumeurs et les tissus sains et enfin une analyse se basant sur la variation des read count entre les tumeurs et les tissus sains correspondants. Chacune de ces trois analyses a permis de déterminer des listes de paires de NAT/PC qui sont enrichies en gènesassociés à la survie. In fine, le but de ce travail est de mettre en évidence une liste de gènes NATs associés au cancer du sein hormono-sensibles et qui serviraient de biomarqueurs pronostiques et prédictifs de la maladie.