Détection des sapovirus porcins par RT-PCR en temps réel

Les sapovirus appartiennent à la famille virale des Caliciviridae. Ces virus sont responsables de gastroentérites épidémiques dans l’espèce humaine et sont actuellement majoritairement détectés en Asie. Des souches de sapovirus ont également été isolées dans l’espèce porcine. Trois pays européens seulement ont rapporté la présence de souches de sapovirus porcins dans leurs troupeaux: la Hongrie (Reuter et al., 2007), l’Italie (Martella et al., 2008) et tout récemment la Belgique (Mauroy et al., 2008). La détection moléculaire de la présence de séquences de sapovirus porcins dans des pays où densités d’élevages et de population humaine se conjuguent posent des questions d’ordre zoonotique, problème déjà en discussion pour des virus qui leur sont proches: les norovirus humains et animaux (Scipioni et al., 2008). De plus l’identification de ces nouveaux pathogènes pour l’espèce porcine suggèrent également d’en évaluer les impacts économique, sanitaire et clinique pour cette filière. Ces questions ne pourront être correctement évaluées que si ces virus sont recherchés et que des méthodes fiables de détection sont développées.
Dans une précédente étude (Mauroy et al., 2008), le couple d’amorce p289/p290, développé par Jiang et collaborateurs (1999) pour la détection des calicivirus humains (norovirus et sapovirus), avait permis la détection de séquences génomiques de sapovirus et de norovirus porcins. Les amorces p289/290 ont été utilisées dans cette étude dans une RT-PCR en temps réel mettant à profit la technologie SYBR green. L’étude des courbes de dissociation obtenues nous a permis de pouvoir différencier des échantillons de matières fécales positifs pour la présence de séquences génomiques de sapovirus porcins de ceux qui étaient positifs pour la présence de différents calicivirus humains ou animaux (norovirus humains, sapovirus humains, norovirus bovin et porcin, vésivirus félin isolé de tractus respiratoire, vésivirus félin isolé de tractus digestif).
Cette méthode devra être dans un premier temps appliquée à un échantillon plus important de matières fécales confirmées positives pour la présence de sapovirus porcins pour pouvoir être validée. La validation de cette méthode pourra ensuite permettre aux laboratoires de diagnostic de disposer d’une méthode rapide et fiable de détection de ces virus dans les filières concernées.